До конца XII века Македония оставалась в составе Византийской империи. За эту населенную славянами область вели борьбу два соседних славянских государства: Сербия и Болгария. В конце XII века болгарам удалось завоевать Македонию, но в 1261 году восстановившаяся после разгрома крестоносцами Византийская империя снова объединила все македонские земли. Спустя двадцать лет окрепшая Сербия начала наступление на византийские владения и к началу XIV века полностью овладела всей Македонией.
Македония одной из первых славянских земель попала под власть турок и фактически превратилась в базу для расширения турецкого владычества на Балканах. Чтобы прочней закрепиться в Македонии, турецкие султаны вели политику, фактически направленную на деславянизацию Македонии. После упразднения Охридской архиепископии (1767) были серьезно подорваны позиции православной церкви. Турецкие власти активно способствовали притоку в Македонию мусульманского населения (турок и албанцев). Прослойка славян, принявших ислам (в Македонии их называли помаками), была не очень велика.
К началу XIX века Македония отличалась исключительной этнической пестротой. Преобладающим по численности было славянское население, говорящее на западноболгарском диалекте, на которое в итоге и распространился этноним "македонцы". Близость македонского языка к болгарскому вызывала и продолжает вызывать претензии болгарских националистов на Македонию. И сегодня часть болгарских ученых не признает факта существования самостоятельной македонской нации и македонского языка, считая македонцев западными болгарами.
При этом собственно болгарское население в XIX веке проживало в восточных районах Македонии. Северо-западные области были населены сербами, на юге славянские поселения перемежались с греческими, на западе - с албанскими. В центральных областях страны проживало много турок. В городах Македонии важную роль играла прослойка богатых греческих торговцев, и греческий язык являлся, по существу, языком межнационального общения. На греческом языке велось и богослужение в православных храмах Македонии. Македонские дети учились в греческих школах, македонская молодежь уезжала продолжать образование в Грецию.
Процесс развития национального самосознания македонцев шел медленно и трудно: ведь, по существу, они находились в зависимости не столько от турок, сколько от своих "братьев по вере" - греков и "братьев по языку" болгар, и попытки деятелей национального просвещения создать македонский литературный язык, народную школу, македонское книгопечатание, ввести богослужение на македонском языке наталкивались на искреннее непонимание: какой македонский язык? Ведь есть же болгарский! Какое богослужение на македонском языке? Ведь наши предки со времен Византии молились по-гречески!
