Вовлеченный в курс вопросов по русской церковной истории, Ключевский начинает преподавать в Московской духовной академии и сотрудничать с журналами «Православное обозрение» и «Богословский вестник».
В актовом зале Московского университета 29 сентября 1882 года Василий Осипович защитил докторскую диссертацию «Боярская дума древней Руси». В те времена процедура защиты проходила торжественно, даже с оттенком театральности. Присутствовала публика, представители прессы, чиновники департаментов. Устраивался публичный диспут, при котором официальные оппоненты предварительно не знакомили диссертанта со своими отзывами, и он должен был без подготовки парировать их возражения. К тому же по сложившемуся обычаю оппонентам полагалась говорить, прежде всего, о недостатках представленной работы, и лишь в заключении излагать свои положительные выводы. Присутствовавший на защите корреспондент газеты «Голос» писал о ней, как об «истинном событии»: «Впечатление, произведенное диспутом г. Ключевского, было близко к восторженному энтузиазму. Знание предмета, меткость ответов, исполненный достоинства тон возражений – все это свидетельствовало, что мы имеем дело не с восходящим, а уже взошедшим светилом русской науки».
Ключевский в докторской диссертации разбирал участие общества в управлении государством, заложил основы для целостного понимания русского исторического процесса. На первый план исторического процесса он выдвигает народ – как совокупность социальных групп и классов в процессе их «общежития». В истории Думы его интересует не столько ее компетенция и механика работы, сколько состав – те классы общества, которые в Думе и через нее управляли Россией. Исследование охватывает период от Киевской Руси до начала XVIII века, то есть от возникновения боярской думы до ее ликвидации в связи с созданием в 1711 году Сената.
В своем главном творческом достижении – «Курсе русской истории», издававшимся с 1904 года (части 1–5), Ключевский поставил задачу выявить «общежительную природу» человека и изучить историческую личность русского народа. Научные выводы, поясняет историк, должны непосредственно влиять на человеческие стремления и поступки, а не оставаться в области чистого знания. Особая заслуга «Курса русской истории» – полнота и всесторонность описания истории русского крестьянства, представленного как главная фигура народного движения и трудовой деятельности. В истории общественных классов Василий Осипович различает два главных момента: экономический и политический. Классы могли формироваться как ходом экономического процесса – снизу, так и сверху – волей властей. Это теоретическое положение историк развивал в специальных курсах по истории сословий в России.
