Первое и самое главное обвинение Шеину было в том, что он, отправляясь на службу, пред государем «вычитал прежние свои службы с большой гордостью», а о боярах говорил, что пока он служил, «многие за печью сидели и сыскать их было нельзя». Обвинили Шеина и в том, что тот выдал врагу литовских перебежчиков. Сходные обвинения выдвинули против воеводы Измайлова. Сын его, Василий, «больше всех воровал» – на пиру с поляками говорил поносные слова: «Как может наше московское плюгавство воевать против такого польского монарха Владислава?»
Было поставлено: Шеина и Арсения Измайлова с сыном Василием казнить, а поместья их, вотчины и все имущество взять на государя; семейство Шеина сослать в понизовые города. 28 апреля осужденных отвезли за город «на пожар», место казни преступников, и там перед плахою дьяк прочитал обвинения. Царь для государева и земского дела не хотел его оскорбить и смолчал, зато злокозненные бояре «не хотя государя тем кручинить, также… смолчали».
По зачтении обвинений всем троим, Шеину и Измайловым отцу и сыну моментально отрубили головы. Палач, подойдя к краю помоста, поднял обе головы над толпой, чтобы хорошо видели все: пусть замолчат те, кто толкует о том, что московскому люду не под силу стоять против польского короля; пусть Польша полюбуется на плоды своего рыцарского великодушия. «Пусть польско-литовский Смоленск ждет новую рать и пусть знает, что, если даже вся Смоленская дорога превратится в сплошное кладбище, Смоленск всё же будет русским» – вот об этом народном мнении во время казни Шеина и Измайловых почему-то вспомнил Тишайший царь, глядя на икону святого Саввы в Можайске.
И ещё как-то горестно и зябко вспомнилось Тишайшему замечание его отца Михаила, что казнь Шеина в московском народе встретили без всякого воодушевления, мол, снова когда-то придется идти на Смоленск отбивать его у польских и литовских воинов. Многие помнили о подвигах Шеина во время Смутного времени. Царю Михаилу доложили его разведчики в Литве, что некий московский сын боярский Иван рассказывал гетману литовскому Радзивиллу, что «на Москве Шеина и Измайлова казнили, и за это учинилась в людях рознь великая». Об этом отец Михаил рассказывал сыну-царевичу Алексею, и ещё без всякого нравоучения, но с горестью. Мол, бояре выговорили изменникам: «А когда вы шли сквозь польские полки, то свернутые знамена положили перед королем и кланялись королю в землю, чем сделали большое бесчестие честному государеву имени».
