Не отлегло на сердце у Тишайшего… Он стал вспоминать, что ему известно о пораженце Шеине, его Смоленских баталиях по рассказам отца, наставника Морозова, других свидетелей печальных событий Смутного времени… В начале 1607 года Шеин стал боярином. В конце 1607 года он был назначен воеводой Смоленска и возглавлял Смоленскую оборону (1609–1611). При взятии польско-литовскими войсками Смоленска (3 июня 1611) раненый Шеин попал в плен, был увезен с семьей в Польшу, там сблизился с уважающим его Филаретом. Вернувшись в Россию в 1619 году, стал одним из ближайших к патриарху Филарету лиц. В 1620–1621 и 1625–1628 годах Михаил Шеин возглавлял один из сыскных приказов, в 1628–1632 годах – Пушкарский приказ. В конце 1620-х и начале 1630-х годов Шеин участвовал во многих дипломатических переговорах по поручению царя.
В июне 1632 года истекал срок Деулинского перемирия, и Россия готовилась к реваншу, чтобы вернуть Смоленскую и Северскую земли. Как по заказу, в апреле 1632 года умер король Сигизмунд III, и в Речи Посполитой наступило бескоролевье. Царь Михаил Фёдорович и Боярская Дума решили не терять время и приговорили начать войну. Главным воеводой назначили боярина Михаила Шеина. Предполагалось, что он вместе с Пожарским будет командующим русской армией в Смоленской войне. Но Пожарский заболел, и единоличное командование русской армией в Смоленском походе взял на себя Шеин. В августе 1632 года русское войско перешло границу Речи Посполитой и в октябре-декабре овладело многими городами Смоленщины и Северщины. Из-за распутицы и медленного подвоза припасов 32-тысячное войско Шеина подошло к Смоленску только в конце января 1633 года Промедление позволило полякам подготовить крепость к осаде. Осада Смоленска русскими во многом повторяла его осаду поляками в 1609–1611 годах. Осажденные держались стойко и два приступа (в мае и июне) были отбиты. Между тем в феврале 1633 года закончилось бескоролевье в Речи Посполитой, королем был выбран сын Сигизмунда III Владислав IV. Король спешно собирал армию и, чтобы выиграть время, подговорил запорожцев и крымского хана совершить в июле набег на Южную Россию. Обеспокоенные дворяне южных земель тысячами покидали войско Шеина и возвращались охранять родных и близких. Собрав армию в 23 тыс. человек, Владислав в августе 1633 года блокировал русские полки под Смоленском. Воевода обратился в Москву за помощью: царь и бояре помощь обещали, но так ничего не сделали. Шеин дал несколько решительных сражений Владиславу, но не смог снять блокаду.
