В своих монастырях Пахомий ввел определенные правила монашеского общежития. Это первый иноческий устав. Все общество монахов, разделенное Пахомием на 24 класса, по степени развития их духовной жизни, находилось под управлением одного общего аввы, каковым был при жизни своей Пахомий. Ему принадлежал главный надзор над всею братиею. Далее, каждый монастырь имел своих второстепенных начальников, называвшихся настоятелями и игуменами. Они находились в подчинении у главного аввы и сообщали ему о состоянии своих монастырей. В монастырях были еще экономы, с помощниками, заведывавшие хозяйственной частью. А так как каждый монастырь делился на несколько общин, состоявших из трех или четырех домов, и в каждом доме было по нескольку келий, в которых жило по два и по три монаха, то были еще и в каждом доме частные надзиратели, подчиненные настоятелям монастырей. Начальствующие лица должны были быть образцами строгой жизни для остальной братии. Под руководством своих начальников монахи проводили жизнь в молитве, чтении книг духовного содержания, особенно Священного Писания, в трудах.
Общественное богослужение совершалось два раза в сутки – днем и ночью. Монахи собирались в церковь по данному знаку, скромно и в молчании, читали Священное Писание и молитвы, пели псалмы. В первый и последний день недели причащались Святых Таин, причем Литургия совершалась обыкновенно соседними пресвитерами из сел, так как Пахомий, опасаясь появления в братии духа любочестия, не допускал, чтобы кто-нибудь из них принимал пресвитерский сан, как и сам не принял его. Кроме того, иноки должны были совершать молитвы отдельно в каждом доме перед отходом ко сну и после сна. После молитвы или богослужения настоятель предлагал братии беседы об истинах христианских. Чтением монахи занимались в своих кельях во время, свободное от молитвы и от работ. Книги они получали из монастырской библиотеки от эконома.
Работы, которыми занимались монахи, были разного рода. Они возделывали землю, разводили сады, работали в кузницах, в мельницах, кожевнях, плотничали, валяли сукна, плели корзины и циновки. Вообще иноки занимались всякого рода трудом, необходимым для содержания целого общества; сторонних средств к жизни у них не было никаких. На работу они выходили в порядке и молчании, вслед за своим настоятелем. Молчание вообще предписывалось во всякое время, во избежание пересудов. Все эти обязанности иноки должны были исполнять с безусловным послушанием, по данному знаку. Послушание, от которого зависит весь порядок монашеской жизни, предписывалось самое строжайшее. Без позволения начальников никто из братии не только не мог выйти из монастыря, но не мог даже начать новой работы или перейти с одного места на другое.
