Он основательно изучил структурную теорию Бутлерова, становившуюся путеводной звездой химиков всего мира. О ней много и часто говорил Менделеев. Вообще он охотно рассказывал о всесветном росте химической науки. Но Менделеев уже объявил, что в конце 1866 года, будучи полностью занят в университете, он уйдет из института.
Подумывал об уходе и Чернов. Петр Григорьевич Киреев присматривал другу место на Обуховском заводе.
Евгений Николаевич Андреев, поддержав решение давнего своего любимца стать помощником библиотекаря, оказал последнюю услугу Чернову. Вскоре он занял кафедру сельскохозяйственной технологии в Лесном институте и покинул Технологический институт, где вполне проявились его редкие качества воспитателя и руководителя: отсутствие предвзятости, понимание людей, справедливость и великодушие. Все эти качества выступили особенно ярко, когда он стал деятельным членом Русского технического общества, его секретарем и председателем комиссии по техническому образованию.
Наступил день, когда Чернов в последний раз вошел в широкий подъезд института, на каменных ступенях которого пятнадцать лет назад братья Черновы объявили матери и сестре о своем поступлении в этот Технологический институт. 20 апреля 1866 года Дмитрий Константинович идеально четким, как в прописях, почерком написал прошение директору института:
«Не имея в настоящее время возможности, по домашним обстоятельствам, исполнять возложенные на меня обязанности по должности помощника хранителя музея и библиотекаря института, прошу освободить меня от таковой».
Увольнение Чернова из института по его просьбе состоялось 1 мая 1866 года. Понадобилось всего несколько дней, чтобы оформить его поступление на должность техника молотового цеха Обуховского завода.
Один из учеников Чернова пребывание Дмитрия Константиновича в Технологическом институте после службы на Монетном дворе назвал «подготовительными годами».
«Эти годы, — писал он, — проведенные частью в занятиях чистой математикой, частью в трудах по классификации большой научной и технической библиотеки, были, наверное, плодотворны для его будущей практической деятельности инженера-металлурга, и в них, быть может, следует искать объяснение того необычайного прозрения, которым отличаются его научные работы, прозрения столь изумительного, что даже Гадолин счел своим долгом отметить необычайную научность работ молодого тогда заводского инженера, а Осмонд двадцать лет спустя писал, что вся физическая химия находится в зародыше в знаменитом мемуаре Чернова».
