На востоке подгорная равнина ограничивалась крупной водной артерией — р. Тедженом, веерообразная дельта которого с относительно небольшими протоками шириной 10–25 м и глубиной до 2 м была частично освоена энеолитическими земледельцами. Мургаб, вторая крупная река Южного Туркменистана, отделена от Теджена песками и пустынной степью, куда энеолитические племена проникали лишь эпизодически. В целом природные условия Южного Туркменистана благоприятствовали развитию мелкооазисного поливного земледелия.
Степень изученности энеолитических памятников Средней Азии можно оценивать с двух позиций. Во-первых, соотношение известных памятников и поселений, реально существовавших в древности, во-вторых, степень исследованности выявленных памятников. Несмотря на то что энеолитические поселения юга Средней Азии, как правило, многослойны и их оплывшие руины образуют всхолмления многометровой высоты, соотношение выявленных памятников и древних поселений едва ли имеет высокий процент. Расположенные в зоне постоянно функционирующего поливного земледелия, эти памятники, особенно небольшие, подвергались и подвергаются уничтожению при планировке полей, особенно при использовании мощной землеройной техники. Небольшие памятники легко могли быть скрыты аллювиально-делювиальными отложениями, достигающими в подгорной полосе мощности 6-10 м, или погребены под культурными наслоениями более поздних периодов, особенно в условиях стабильного расположения водных источников, определяющих прочную оседлость на определенной территории от неолита до XX в. Достаточно отметить, что такие крупные энеолитические поселения, как Карадепе и Илгынлыдепе, в настоящее время на археологической карте выглядят единичными, а аналогичное поселение Геоксюр 1, оказавшееся в полупустынной зоне, где оседлое земледелие после энеолита практически не существовало, сохранило округу из семи мелких поселков. Судя по подъемному материалу, на территории городища Новая Ниса с мощными наслоениями парфянского и раннесредневекового периодов был и раннеэнеолитический памятник, но непотревоженные слои этого времени здесь пока не обнаружены. Все это позволяет считать, что если крупные энеолитические центры численно сохранились почти полностью, то мелкие поселения уцелели лишь наполовину, а то и менее.
Второй аспект — степень изученности известных памятников. Из 27 выявленных энеолитических поселений на 19 изучение стратиграфии проведено большей частью путем шурфовки, причем на разном методическом уровне. Так, например, по опорным шурфам Намазгадепе графическая фиксация профилей шурфов практически отсутствует. Один памятник (Дашлыджидепе) был исследован полностью на уровне всех трех имевшихся в нем строительных горизонтов, на четырех (Ялангачдепе, Муллалидепе, Чакмаклыдепе, Монджуклыдепе) полностью вскрыт верхний строительный горизонт. Однако все это небольшие поселения площадью не более 0,3 га. Широкое вскрытие верхних строительных горизонтов осуществлено на таких крупных поселениях, как Карадепе и Геоксюр 1, а также на четырех небольших поселениях геоксюрской группы памятников. Последняя, таким образом, исследована наиболее полно и разносторонне (
