Когда биологический редукционизм приступил к изучению принципов устройства человеческого организма, научная мысль разделилась на два фундаментальных направления, каждое из которых претендовало на первенство в ряду естественных наук: витализм, постулировавший существование формообразующей жизненной силы, и механицизм, использовавший механические принципы для объяснения жизнеобеспечивающих функций организма. Витализм возник как идеалистическое течение в биологии, допускающее наличие в организмах особой нематериальной жизненной силы или души, которая обеспечивает их целесообразное развитие. В итоге идеологической борьбы, происходившей на арене научной мысли между этими направлениями, наука решительно отвернулась от идей о жизненной силе, свободе воли, предопределении, и сосредоточилась на изучении механизмов, действующих в силу изученных естественных законов.
Последовательное механистическое мировоззрение начало развиваться в новое время благодаря научным и философским трудам Декарта. От него ведет отсчет так называемый «картезианский дуализм», иначе говоря, дуализм души и тела, которые понимаются как две независимые и несводимые друг к другу жизненные субстанции. В картезианском дуализме душа начинает восприниматься как водитель «транспортного средства», оператор своего мозга и физического тела. Декарт отождествил сущность человека с его умом – известно его крылатое выражение «я думаю, следовательно, я существую». По его мнению, это свойство должно отличать человеческую душу, имеющую божественное происхождение, от лишенных души животных, которых он сравнивал с механическими часами и заводными игрушками.
Декарт первый обозначил понятие рефлекса. Он считал, что животные, в сущности, это просто машины, которые производят автоматические реакции на внешние раздражители. По его словам, он не признавал никакой разницы между машинами, изготовленными ремесленниками, и различными телами, которые творит природа. Павлов с глубоким основанием поставил памятник Декарту у своей лаборатории, отмечая преемственность материалистической мысли. В своих записях он писал: «Считая деятельность животных, в противоположность человеческой, машинообразной, Декарт триста лет тому назад установил понятие рефлекса, как основного акта нервной системы». Если Декарт признавал в человеке наличие души, то его последователи все накопленные знания употребили на то, чтобы обосновать невозможность ее существования в материальном агрегате физического тела.
