Сходили они в Святой град Иерусалим, поклонились Живоносному Христову Гробу и прочим святым местам и, прожив в Иерусалиме всю зиму, проводив Пасху, возвратились на Святую Афонскую Гору, где вновь затворились в своей пустынной келлии.
Как и для каждого христианина, поездка в Иерусалим была для них большим утешением, но в то же время она оказалась для них, пустынножителей, испытанием. Вот как описывал это сам отец Арсений: «Мы были довольны всем от Бога и от людей. Лучшего нельзя было и ожидать. В Иерусалиме поклонники задарили нас червонцами. Но мы их, по милости Божией, все раздали бедным арабам. Но скорбь наша была в другом. Много лет проведя в пустыне, мы уже почти позабыли, что такое мiр. А здесь окунулись в самую его гущу и суету. Больше всего скорбели в пост. Все хотели нас угостить. Принимали как самых почетных гостей. Но мы не могли вместить всего этого. Только и думали о том, как скорее доехать до Святой Горы».
Спустя некоторое время по возвращении из Иерусалима скончался сомолитвенник отца Арсения отец Николай. Случилось это 6 февраля 1841 года, на сырной неделе, в четверг. Отец Арсений остался один с Единым Богом и сам готовился к исходу. Многие желали с ним жить, но он никого не принимал целый год. Потом получил от Бога известие, что осталось ему некоторое время еще пожить в этом мiре, и начал принимать всех желающих. Вскоре собралось таковых восемь человек. Тогда его заставила нужда оставить свою келлию, не вмещавшую всех подвизавшихся с ним. И ушел он в самую далекую пустыню, в скит «Лак» во имя святого великомученика Димитрия, где поселился со всеми учениками в одной большой келлии.
Скитские отцы весьма обрадовались, что пришел к ним такой светильник. Но русская братия, жившая близ Кареи и на Капсале, весьма скорбела, что удалился от нее отец и пастырь их. Жил он теперь от них на расстоянии полутора дней пути. Впрочем, хотя далек и труден был путь, но от своего утешителя они не отстали и продолжали наведываться к нему даже туда. Духовник же не велел им утруждаться, но просил избрать себе другого духовника, проживающего ближе. Но они ему отвечали: «Отче святой! Много есть духовников. Но другого такого утешителя и отца в скорбях наших обрести не можем».
Многие из учеников отца Арсения не могли вместить его образа жизни и нестяжания. Думая отойти от него, стали просить благословения, чтобы он отпустил их избрать себе на Святой Горе другое место для жительства. Он же, утешая их, говорил: «Чада мои возлюбленные, чем вы недовольны? Чем я вас отяготил? Или скорбите, что много трудов? Сидите каждый в своей келье, храните безмолвие. Не оставляете келейного своего правила и соборной церковной службы. Упражняетесь всегда в богомыслии и беспрестанной умной молитве. Всеми силами стараетесь очищать внутреннего человека и не принимать никаких прилогов дьявольских. Открываете все свои помыслы, не удерживая их, да не обладает никем из вас дьявол. Или вы пищей недовольны? И о том не скорбите. Все вам Господь потребное пошлет к насыщению и утешению. Ибо он сказал:
