С первого дня Великой Отечественной войны Цисельский в составе 83-й отдельной морской разведывательной эскадрильи принял участие в боях, где в основном приходилось летать на летающих лодках МБР-2. 22 июня 1941 года в составе 3-х бомбардировщиков, самолет Цисельского принял участие в разгроме танковой колонны противника в районе Гросс-Либенталь – Одесса. 23 сентября 1941 года в районе Днестровского Лимана его экипаж потопил большой транспортный корабль противника, а в районе Перекоп – Севастополь Цисельский уничтожил сотни гитлеровских солдат и офицеров, 15 танков и 20 автомашин.
В дни героической обороны Одессы, когда немецко-фашистские захватчики полукольцом окружили город, черноморская операция принимала участие в эскортировании своих кораблей, которые доставляли оружие, боеприпасы, продовольствие в Одессу, охраняя их от вражеских подводных лодок и торпедных катеров. В одном из таких полетов в районе Тендровской косы на группу наших бомбардировщиков налетели вражеские истребители. Экипаж Цисельского уничтожил два вражеских самолета. Советские корабли без потерь дошли до Одессы, но самолёт Цисельского получил серьёзные повреждения. Только мужество и выдержка экипажа, опыт командира самолёта и штурмана помогли при трёхбалльном шторме посадить машину на воду.
С 25 декабря 1941 года по 2 января 1942 года Цисельский принимал участие в Керченско-Феодосийской десантной операции. До конца 1941 года экипаж Михаила Петровича совершил 99 боевых вылетов, из них 55 днем и 44 ночью. Участвуя в разгроме врага, делал по 2-3 боевых вылета за ночь. При выполнении боевых заданий проявлял упорство, смелость и находчивость. Трижды атаковывался истребителями противника. Дважды, застигнутый плохой погодой, подходил к цели на низкой высоте, обстреливая из пулеметов зенитные точки противника. Ни зенитный огонь, ни прожектора противника не помешали Цисельскому сбросить около 20 тыс. кг бомб.
В 1942 году Михаил Петрович продолжает принимать активное участие в обороне Севастополя и Кавказа. В течении года он получал основные задачи на уничтожение войск и техники противника в районах: Новороссийск, Керчь, Тамань, Анапа. В этом же году производил разведку коммуникаций противника на Крымском побережье. В июне – июле 1942 года в составе экипажа транспортного самолета Дуглас С-47 “Скайтрэйн” совершил в осаждённый Севастополь 16 вылетов. При этом было доставлено 16 тонн боеприпасов, эвакуировано 110 раненых бойцов и командиров.
