Примерно половина студентов занимается в государственных вузах, которых больше 50. Другая половина — в частных, число которых, включая академии, достигает примерно 400. Старейший из них — Национальный университет, основанный в 1949 году, ректором которого является выдающийся ученый, председатель Джакартской академии искусств, писатель-классик, профессор Сутан Такдир Алишахбана. Вместе с христианским Университетом Трисакти, католическим Атмаджая и еще одним джакартским университетом, Джойобойо, Национальный университет составляет большую четверку, приравненную по уровню знаний выпускников к государственным вузам. Выпускники же большинства других частных университетов, чтобы получить диплом, должны сдать выпускные экзамены в одном из государственных вузов. Формально частные учебные заведения считаются некоммерческими, общественными учреждениями. На самом же деле все больше частных вузов приобретают сугубо коммерческий характер. Плата за обучение в престижных частных вузах невероятно высока, в результате чего среди учащихся этих вузов велик процент детей богатых китайцев и индонезийской элиты. Правда, есть частные университеты, как, например, созданный в 1952 году Национальной партией Университет 17 августа (УНТАГ), где занимаются дети небогатых родителей. Хотя эти вузы и получают определенную дотацию от государства, но, как писал в январе 1984 года журнал «Наука и культура», издаваемый Национальным университетом, «большинство таких вузов влачит жалкое существование: занимаются в арендованных зданиях, снимая даже помещения начальных школ. Занятия там, как правило, проводятся по вечерам. Оборудование плохое». К числу новых некоммерческих частных университетов следует отнести созданный в начале 80-х годов Университет Бунг Карно.
Характерной чертой студенческой жизни в Индонезии с момента резкого возрастания числа вузов в начале 50-х годов, т. е. после завоевания Индонезией политической независимости, и до середины 60-х годов была так называемая политизация студенчества, иначе говоря, размежевание вузов по политическим мотивам. Почти каждая политическая партия имела свой университет или академию. Студенты больше готовили себя к карьере политических деятелей, чем занимались науками по избранной специальности. С 1967 года правящие круги взяли курс на общую деполитизацию жизни в стране, на уменьшение числа политических партий и их роли в общественной жизни. Все это самым непосредственным образом коснулось и студенчества. Несмотря на сопротивление студентов, правительству к концу 70-х годов удалось в основном добиться своей цели: «вернуть студентов в кампусы» (студенческие городки), т. е. отстранить их от политической жизни. Это было сделано путем проведения ряда мер, включая запрещение деятельности политических партий в кампусах, роспуск студенческих советов, выступавших прежде в качестве объединяющей силы всех учащихся данного учебного заведения. Особая роль в деполитизации студенчества принадлежала министру образования и культуры Дауду Юсуфу, доктору экономических наук Сорбоннского университета. Он задался целью повысить успеваемость и уровень исследовательской работы учащихся, уменьшить второгодничество. Высшим органом студенческого самоуправления стали студенческие совещательные комитеты, которые в отличие от студенческих советов не имеют решающего голоса в назначении ректоров и профессоров, в составлении учебных программ. Правда, студенты и их организации не смирились, что, в частности, было продемонстрировано конгрессами студенческих и молодежных организаций в 1983 году, когда все они отказались принять концепцию панчасила как основу их деятельности. Иными словами, свою деятельность они по-прежнему пытаются основывать на идеологических концепциях политических партий, к которым они исторически примыкают.
