В 1991 году, в связи с развалом СССР и ликвидацией союзного КГБ, дал согласие продолжить службу в разведотделе Управления Службы безопасности Украины по Ивано-франковской обл.
В 1991-1992 годах, в качестве разведчика-нелегала СБУ под прикрытием журналиста и политолога, проводил операцию в Москве по созданию нелегальной резидентуры и проникновению в ближайшее окружение президента России Б. Ельцина. В январе 1992 года информировал президента Украины Л. Кравчука о том, что вице-президент России В. Руцкой готовит переворот, а его люди складируют оружие в разных местах Москвы. Кравчук не стал предупреждать Ельцина и в октябре Руцкой и Председатель Верховного Совета Р. Хасбулатов открыто выступили против президента, который в ответ расстрелял парламент из танков.
Далее Крыжановский стал создавать собственную политическую партию, однако, в связи с утечкой информации об операции, в июне 1992 года Ельцин и Кравчук подписали договор о прекращении взаимного шпионажа. Несложно представить реакцию Ельцина, когда ему доложили, что к нему ищет подходы нелегал СБУ, бывший снайпер спецгруппы «Набат» и призер закрытых первенств КГБ по рукопашному бою.
Председатель СБУ Е. Марчук объявил Крыжановскому благодарность, ему было также предложено «все забыть». Крыжановский категорически не согласился с прекращением операции, заявив, что президент Кравчук совершает крупную стратегическую ошибку.
В 1992 году Крыжановский был уволен из СБУ, после чего получил информацию о том, что готовится его ликвидация - он мешал Кравчуку «дружить» с Россией. Он уехал в Польшу, а в 1995 году ему удалось вылететь в США. Тем не менее, до сих пор он остается персоной нон-грата на Украине - президент Янукович очень хотел бы, чтобы операция «Кремль» была стерта из истории российско-украинских отношений навсегда.
В августе 1995 года в Нью-Йорке Крыжановский был завербован Управлением спецопераций ЦРУ и Управлением нацбезопасности ФБР в качестве агента «Филамента» для участия в незаконных операциях по слежке за членами Конгресса США и контролю Белого дома. По заказу ЦРУ им была создана система высшего политического менеджмента «Профессионал» для президента Билла Клинтона (вышла в виде «Спецучебника для Белого дома» в 2007 году).
В ходе сотрудничества ЦРУ высказало также заинтересованность в использовании Крыжановского в качестве снайпера, от чего он категорически отказался, направив соответствующее письмо о заговоре президенту Клинтону. После этого ЦРУ стало оказывать целенаправленное давление на Крыжановского, он был лишен возможности работать и стал первым в США «русским диссидентом». Сенатор Хиллари Клинтон согласилась лишь помочь в воссоединении семьи, президент Буш отправил запрос по «делу» Крыжановского в Минюст, но он был заблокирован Директором ФБР Мюллером. Прокурор по особым делам Фитцжеральд прислал следующе письмо: «Ваше заявление о том, что Директор ЦРУ вовлечен в заговор, даже если оно соответствует действительности, не подпадает под действие Акта Хэтча (запрет федеральным служащим заниматься политической деятельностью по месту работы). Поэтому мы закрываем ваше дело».
