Неприязненные отношения между Эйлером и Фридрихом получили дальнейшее развитие, когда в 1763 году король не дал одной из дочерей Эйлера разрешения на брак с солдатом по причине его низкого звания. Быть может, последней соломинкой стала серия ожесточенных стычек между Фридрихом и Эйлером в период между 1763 и 1765 годом. Все случилось из-за торговли государственными календарями (альманахами). Они изготавливались за большие деньги членами Академии и продавались публике для финансирования ее деятельности. Выяснилось, что главный комиссионер прикарманивал деньги от продажи календарей. Фридрих и Эйлер разошлись во мнениях о том, как разобраться с коррупцией и недостатками администрирования, приведшими к этому случаю. Кончилось тем, что Фридрих в резких выражениях упрекнул Эйлера.
Находясь в Берлине, Эйлер сохранил добрые отношения со своими бывшими коллегами по Санкт-Петербургу. Он оставался главным редактором журнала и отправил общим счетом 109 статей для опубликования в нем. Он опекал русских студентов, которых посылали на учебу в Берлин. В награду за редактирование и наставничество российские власти регулярно выплачивали ему стипендию. Еще более примечательный пример уважения русских к Эйлеру дает одно происшествие во время Семилетней войны. В марше на Бранденбург в 1760 году русская армия вошла в Шарлоттенбург. При этом была разграблена ферма, принадлежавшая Эйлеру. Узнав об этом, русские — сначала генерал, а затем сама императрица Елизавета — выплатили Эйлеру репарации в размере, намного превышающем стоимость ущерба.
В течение всех 24 лет пребывания Эйлера в Берлине русские очень хотели снова залучить его в Санкт-Петербург. Щедрые предложения делались в 1746, в 1750 и в 1763 годах. Всякий раз он отказывался, но никогда не захлопывал дверь окончательно. Наконец, в 1765 году, сытый по горло враждебностью Фридриха и видя улучшение политической обстановки в России, он решил вернуться.
Несмотря на личную неприязнь, Фридрих хорошо сознавал выдающееся место Эйлера в международном научном сообществе. За время работы в Берлине Эйлер опубликовал свыше двухсот работ. В 1749 году он был избран действительным членом Лондонского королевского общества. В 1755-м он стал девятым иностранным членом Французской академии наук, хотя по уставу число иностранных членов не должно было превышать восьми. Да и государству он хорошо послужил; помимо создания календарей, Эйлер работал над чеканкой национальной монеты, устройством каналов, проектированием акведуков, созданием пенсионной системы и совершенствованием артиллерии.
