В 1955 г. Киссинджер был советником Операционного координационного комитета, созданного президентом Эйзенхауэром.
В 1955-1956 гг. Киссинджер являлся директором по исследованиям в области ядерного оружия и внешней политики в Совете по Международным отношениям. Результатом этой деятельности стала его первая книга «Ядерное оружие и внешняя политика» (1957), книга, ставшая бестселлером и сделавшая Киссинджера знаменитым.
В 1956-58 гг. Киссинджер работал в фонде братьев Рокфеллеров.
Он был консультантом нескольких правительственных агентств, в т.ч. Совета национальной безопасности США, Госдепартамента США, корпорации RAND (знаменитая корпорация, которая выполняет функции стратегического исследовательского центра, работающего по заказам правительства США, их вооружённых сил и связанных с ними организаций).
В 1960-х годах Киссинджер считался одним из самых уважаемых и признанных экспертов в западном мире.
Киссинджер поддерживал Нельсона Рокфеллера, губернатора штата Нью-Йорк, когда тот выдвигался кандидатом в президенты от республиканцев (1960, 1964, 1968). Став советником по национальной безопасности новоизбранного президента Ричарда Никсона в январе1969 г., Киссинджер продолжает поддерживать связь с Рокфеллерами, являясь членом правления Фонда братьев Рокфеллеров, советником принадлежащего Рокфеллерам банка Chase Manhattan Bank.
Киссинджер занимал должности советника по национальной безопасности и госсекретаря США при Никсоне. Это был первый случай, когда один человек занимал две данные должности одновременно. При Форде Киссинджер продолжил службу на должности Госсекретаря США.
Являясь сторонником реальной политики, Киссинджер играл доминирующую роль во внешней политике США в 1969-1977 годах.
Киссинджеру принадлежит идея ликвидации коммунистических движений в Южной Америке, в частности, организация переворота Пиночета в Чили в 1973 г. Тайные операции ЦРУ в Чили курировал возглавляемый Киссинджером Сороковой комитет правительства США.
Киссинджер неоднократно обвинялся журналистами и правозащитниками (как в США, так и за рубежом) в причастности к преступлениям военных хунт в Чили и Аргентине. Испанский суд даже вызвал его в качестве свидетеля, но этот вызов был отклонён Госдепартаментом США.
В 2001 г. ряд правозащитных организаций предъявили иск к Киссинджеру, обвинив его в причастности к проведению операции «Кондор» – кампании по преследованию и уничтожению политической оппозиции (главным образом коммунистов и социалистов) в ряде стран Латинской Америки в 1970-1980 годах. Проводились диктаторскими режимами Чили, Аргентины, Уругвая, Бразилии, Парагвая, Боливии при поддержке спецслужб США. Спецслужбы этих государств, действуя скоординировано, организовывали похищения, пытки и казни без суда и следствия представителей оппозиции. Жертвами террора тех лет стали от 40 до 60 тысяч человек. Но Киссинджеру и здесь удалось выйти сухим из воды.
