Меньшевики, настаивавшие на необходимости постоянных компромиссов, высказывавшие собственное мнение по всем пунктам предложенной программы, считавшие РСДРП «организацией мелкобуржуазной интеллигенции» и настаивавшие на созыве «рабочего съезда», мешали Ленину и его единомышленникам. Раскол оказался неизбежен, но он еще не был окончательным и бесповоротным.
После политической амнистии, объявленной царским Манифестом от 17 октября 1905 года, Дан приехал в Петербург и уже в декабре был кооптирован в члены ЦК РСДРП. В 1906–1907 годах он входил в редакции всех меньшевистских и общепартийных газет и журналов. Дан считал необходимым и плодотворным сотрудничество с властью в рамках выборного представительного органа – Государственной думы, которую большевики на первых порах по призыву Ленина бойкотировали, и стал одним из руководителей социал-демократических фракций в Госдуме первого и второго созывов.
Как известно, 3 июня 1907 года был опубликован высочайший манифест о роспуске 2-й Государственной думы и изменении порядка выборов в Госдуму, что означало ужесточение внутриполитического курса правительства. В январе 1908-го Дан эмигрировал. Будучи идейным противником большевистских методов борьбы, уже в 1912 году он пытался содействовать объединению антибольшевистских групп РСДРП. Когда в 1913-м в связи с 300-летием дома Романовых была объявлена амнистия, Дан возвратился в Петербург и возглавил меньшевистскую фракцию 4-й Государственной думы. В начале Первой мировой войны вновь последовали арест и ссылка в Сибирь, но в мае 1916-го он был мобилизован как врач и служил в Иркутске.
Вернувшись в конце марта 1917 года в Петроград, Дан поддерживал Временное правительство и выступал за вхождение в него социалистов.
Одним из самых ярких эпизодов его небедной на события жизни была попытка в канун революции, вечером 24 октября 1917 года, вместе с эсерами Н.Д. Авксентьевым, бывшим министром внутренних дел, и А.Р. Гонем, по поручению Временного совета Российской республики (так называемого Предпарламента), договориться с Временным правительством о том, чтобы, перехватив инициативу у большевиков, сделать заявление, в котором вопросы о мире, земле и демократизации армии «должны быть поставлены так, чтобы ни у одного рабочего и солдата не было сомнения, что правительство идет по этому пути твердыми шагами». При этом Дан называл агитацию большевиков «преступной», но заявлял: «Желая самым решительным образом бороться с большевизмом, мы не желаем быть орудием в руках той контрреволюции, которая на подавлении этого восстания хочет сыграть свою игру» («Новая жизнь», «Речь», 25 октября 1917 года).
