Люди приняли это воззвание и с радушием деятельно откликнулись на просьбу своего пастыря. Так отец Иоанн положил начало организованной благотворительности: в Доме трудолюбия нуждающийся отвлекался от тунеядства, получал помощь по труду. До конца дней своих щедрой рукою отец Иоанн оказывал помощь всем и каждому в отдельности просившему бедняку. Отец Иоанн всех любил, на всех у него хватало нравственной и материальной помощи; никому не было тесно в его сердце.
По одному могущественному слову и примеру отца Иоанна, а нередко и без всякого его слова почитатели его несли, посылали ему денежные средства, создавали благотворительные учреждения. По примеру отца Иоанна помогали бедным, учреждали стипендии в учебных и благотворительных заведениях, строили храмы, богадельни, школы, приюты.
В 1882 году открылся Дом трудолюбия – в 4 этажа, прекрасно оборудованный, с домовой церковью во имя святого Александра Невского. Здесь были устроены мастерские, в которых работали в течение года до 25 тысяч человек, женские мастерские, школа на 300 детей, детский сад, загородный летний дом для детей, сиротский приют, бесплатное призрение бедных женщин, народная столовая с небольшой платой и благотворительными обедами в праздники, огороды для снабжения живущих и работающих, библиотека, бесплатная лечебница, воскресная школа и многое другое. В 1888 году заботами и трудами отца Иоанна был построен ночлежный дом, а в 1891 году странноприимный дом. Помощь оказывалась всем нуждающимся, независимо от их социальной и религиозной принадлежности. Дом трудолюбия в Кронштадте стал образцом для учреждения таких же домов в столице и во многих провинциальных городах.
18 декабря 1902 года отец Иоанн записал: «Благодарю Господа за редкость освящения моего великолепного храма, который Он для меня устроил и украсил в столице России Петербурге, – Иоанновский женский монастырь на Карповке». Отец Иоанн основал и устроил Воронцовско-Благовещенский женский монастырь в Псковской епархии; Леушинский женский монастырь городской епархии (Череповецкий уезд) с подворьем в Петербурге – храмом в честь святого апостола Иоанна Богослова; Вауловский скит в Ярославской губернии около Рыбинска и ряд храмов в различных уголках России.
Люди, приходившие в Кронштадт, зная о благотворительной деятельности отца Иоанна, жертвовали ему очень много. Многие, желая сделать что-нибудь доброе, стремились к тому, чтобы довершить начатое руками щедрого пастыря дело, который, по мере необходимости, распределял эти средства бедным и нуждающимся. Многие жертвовали, посылая денежные переводы почтой.
