Все важнейшие решения, касавшиеся жизни Православной Церкви, подлежали согласованию с Советом, на местах работали его уполномоченные. С ними архиереи были обязаны согласовывать свои действия – назначение благочинных, настоятелей храмов. В итоге получалось, что Русская Православная Церковь через этот Совет де-факто оказалась встроена в систему государственных органов, хотя формально ленинский декрет об отделении Церкви от государства никто, разумеется, не отменял.
По мере наступления Советской армии в Европу разворачивались гонения и против духовенства, отметившегося на оккупированных территориях. Практически все, кто активно проявил там себя в церковном служении (например, в известной Псковской миссии), подверглись репрессиям, хотя и не все сразу.
Особенно гонения усилились после 1948 года. Последние годы жизни Сталина были временем нового антицерковного натиска. Но в отличие от довоенных сталинских гонений, послевоенные осуществлялись скрытно, и, кроме того, они уже не затрагивали собственно Московскую Патриархию. К тому времени ставший патриархом Алексий – I, получил орден трудового красного знамени, а митрополит Николай (Ярушевич) ездил по всему миру, выступая в защиту советской политики. «Журнал Московской Патриархии» переполнялся здравницами Сталину. Внешнему наблюдателю картина могла показаться почти идиллической. Но те факты, которыми мы располагаем сейчас, позволяют утверждать: кардинального переворота в политике Сталина по отношению к Церкви не произошло. Сталин как был богоборцем, так и остался им до конца своей жизни.
После загадочной смерти Иосифа Виссарионовича, стали приходить к власти другие политические деятели, которые уже физически не уничтожали церковь, но вели борьбу с ней другими методами. Это были огромные внецерковные пропаганды в школах, институтах. Был введен предмет философия, в которой признавались только два философа Маркс и Энгельс, а всех остальных философов признавали не правильно мыслящими. Дело доходило даже до того, что их просто не издавали и запрещали. Так же на комсомольских и коммунистических собраниях разбирали и стыдили людей, которые хоть как то положительно откликались о вере: лишали их партийного документа, а это значит, что этот человек лишался и всяческих льгот и привилегий в Советском Союзе. Сами храмы облагали страшными налогами, которые храм не мог выплатить, как итог храм закрывали. Отсюда, кстати, и пошли так называемые "прейскуранты" на церковные требы, такие как крещение, венчание, подача записок о здравии и т.п. Хотя сейчас правда в некоторых храмах возвращается все на круги своя, где все эти обычные требы выполняются за пожертвование.
