В связи с предстоящим Собором Святейший Синод переносил свои заседания в Москву, а в Петрограде, в соответствии с Определением Синода, учреждалась Синодальная Контора: «От 21–26 июля за № 4652 постановлено: 1) ввиду предстоящего 15 августа сего года открытия в г. Москве Всероссийского Поместного Церковного Собора, заседания Святейшего Синода в Петрограде закончить 2 августа сего года и открыть таковые в Москве 9 августа; 2) на время пребывания Святейшего Синода в Москве учредить в Петрограде Синодальную Контору в составе преосвященного Вениамина, архиепископа Петроградского, с званием первоприсутствующего, викариев Петроградской епархии преосвященных Нарвского и Лужского, настоятеля Казанского собора протоиерея Философа Орнатского и помощника протопресвитера военного и морского духовенства протоиерея Иоанна Морева» (209).
Члены Синодальной Конторы являлись полномочными представителями высшей церковной власти в Петрограде. В связи с переживаемым страной тревожным временем им приходилось решать множество сложных практических вопросов.
Продолжалась тяжелая, теперь уже связанная со многими поражениями, кровопролитная война. В сражениях принимало героическое участие множество русских женщин – сестры милосердия, разведчицы, сотрудницы технических служб. Многие из них отдали свою жизнь во имя спасения Отчизны. По предложению отца Философа Орнатского 26 июля была совершена архиерейским служением панихида по всем павшим в боях женщинам-воинам. На эту панихиду вместе с Владыкой Вениамином и отцом Философом вышел сонм петроградских священнослужителей. «Громадный собор до тесноты был переполнен молящимися. Настоятель собора протоиерей Философ Николаевич Орнатский сказал проникновенное слово памяти погибшим с честью за свою Родину и поставил их подвиг в пример многим. Трогателен был момент провозглашения протодиаконом вечной памяти женщинам, жизнь свою положившим в борьбе за славу России. Все опустились на колени, обширное церковное пространство огласилось рыданиями…» (210).
По-прежнему совершались в Казанском соборе ежедневные моления перед чудотворным Казанским образом Божией Матери о даровании победы русскому христолюбивому воинству. К ним теперь присоединились молитвы о прекращении междоусобной брани.
Много сил отдавал отец Философ делу оказания помощи воинам-инвалидам, покидавшим лазарет Казанского собора после лечения. Они обезпечивались одеждой, теплым бельем, обувью и денежным пособием для возвращения в родные места. Господь помогал батюшке находить благодетелей и для этих целей.
