Критически характеризовал Гегель притязания эмпирических наук на использование названия философия. Вместе с тем он отмечал, что для этого существовали определенные основания. Эмпирические науки, поскольку они заняты обработкой опытного материала с помощью мысли, движутся навстречу философии. Они ищут всеобщие определения и на этом пути подготовляются к включению в философию. Но и философия приобретает опыт перехода мышления к конкретным определениям.
Гегель является энциклопедистом в науке. Но его энциклопедизм существенно отличался от образцов предшествующего энциклопедизма, который был связан с созданием агрегата научных знаний, с собранием разнородных сведений из наук. В последнем случае принимается внешний порядок в расположении знаний. Сам Гегель руководствуется принципом целостности науки, опирается на исследование ее идейного содержания, на разработку способов понятийного мышления в единстве с формой, позволяющей двигаться всей системе научных понятий. Ядро такой системы он усматривал в философской энциклопедии наук. Опорными пунктами, главными ее элементами, по Гегелю, являются:
Логика как наука об идее.
Философия природы (учение об инобытии идеи).
Философия духа как отрицание инобытия идеи.
Гегелевская философия природы ближе всего соприкоснулась с материалом естествознания. В ней философ высказал множество интересных методологических положений, которые, однако, не были восприняты сообществом ученых. Этому мешал вычурный язык гегелевской мысли, а также претензии автора на руководство ходом развития естествознания, попытки «исправления» естествознания». Иногда, руководствуясь общими философскими соображениями, Гегель пытался вывести эмпирические результаты, которые опровергались наукой. Например, он утверждал, что между Юпитером и Марсом не может быть других планет. Но это утверждение было опровергнуто. Астроному нашли в данной области малую планету Цереру.
Гегель стремился внести систематическую связь в естественные науки. Методология эмпиризма, делающая упор на собирание фактов, преодолевалась Гегелем на основе принципа развивающейся системы знаний. Все естествознание он объединял в три раздела: механику, химизм и телеологию (учение о жизни). Жизнь он рассматривал как самоопосредствующую деятельность; она сама себя творит, воспроизводя свои предпосылки. Вместе с тем, жизнь, по Гегелю имеет геологические основания (положение Земли в солнечной системе, наличие магнитных полюсов, наклон земной оси, распределение моря и суши и др.).
