После кончины матери, он исполнил свое давнее желание: четыре года жил в уединенной обители, а два года в совершенном уединении в одной пещере. Расстройство здоровья побудило его возвратиться в Антиохи́ю. Здесь он принял сан диакона и затем священника. 12 лет священства в Антиохии были самым счастливым временем в его жизни. Он неутомимо проповедовал и принимал самое живое участие в радостях и скорбях антиохийской паствы. Проповеди его часто прерывались рукоплесканиями. Иоанн останавливал слушателей, говоря: “Что мне в ваших рукоплесканиях? – Исправление жизни и обращение к Богу – вот лучшая мне похвала от вас.” Особенно прославился он своими словами по случаю бедствий, угрожавших антиохийцам за низвержение императорских статуй.
В скором времени во всем христианском мире уже гремела слава святого Иоанна, как Златоуста (название, данное ему одной простой женщиной во всеуслышание в храме, в порыве восторга от его слова). Поэтому, когда после смерти епископа Нектария, преемника св. Григория Богослова, стала свободной кафедра константинопольского архиепископа, император Аркадий (395–408 г.) пожелал, чтобы она предоставлена была Златоусту.
Первое время святительства было очень утешительно для Иоанна, и он со всем усердием предался заботам об искоренении остатков арианства, примирении враждовавших епископов, исправлении духовенства и всей паствы. Но эта энергичная деятельность восстановила против него много врагов, во главе которых открыто встала императрица Евдоксия, женщина крайне суетная и властолюбивая.
Евдоксия привлекла на свою сторону александрийского архиепископа Фео́фила, около которого объединились недовольные Иоанном епископы. Эти епископы составили собор (в местечке Дуб, близ Константинополя) и осудили Иоанна на лишение кафедры и изгнание. “Церковь Иисуса Христа не мною началась и не мною кончится,” – сказал Иоанн своим преданным друзьям и оставил столицу. Но в ту же ночь случилось сильное землетрясение, и удары его особенно слышались во дворце. Устрашенная Евдоксия просила Златоуста поскорее возвратиться. Прошло два месяца, Евдоксия снова предалась своим страстям и порокам, и Иоанн снова выступил со словом обличения. На этот раз Иоанн был осужден уже заочно и отправлен в ссылку.
Около трех лет Иоанн прожил в армянском городе Кукузе, затем отправлен был далее в Пициунт (на северо-восточном берегу Черного моря, в нынешней Абхазии). Суровые воины в течение трех месяцев вели святителя пешком чрез горы и в зной, и в проливной дождь. Изнеможенный до крайности, святитель остановился в городе Команах. Здесь ночью явился ему святой мученик Василиск (мощи которого почивали в этом городе) и сказал: “Не унывай, брат Иоанн, завтра будем вместе.” Иоанн причастился святых Таин и мирно скончался со словами: “Слава Богу за все!”