.
Этот период стал суровым испытанием для архиепископа, который всей душой чаял мира внутри Церкви. Как он сам говорил: «В самом Шанхае напряженность... всё же сильно чувствуется. Время от времени печать имеющегося здесь лишь одного направления начинает лить потоки грязи на наше церковное направление, не стесняясь ничем, чтобы подорвать к нему доверие и обвинить его проводящих во всех преступлениях... Гораздо печальнее, что под влиянием всего происходящего произошло страшное разделение в пастве»195. По воспоминаниям В.Наумова, в это беспокойное время «владыка часами молился в алтаре».
Что касается архиепископа Виктора, то он всё больше сближался с советской властью и даже отправлял Сталину поздравительные телеграммы; позиция владыки Иоанна оказалась для него неприемлемой, и архиепископ Виктор запретил владыку Иоанна в служении. На проповеди после литургии владыка Иоанн заявил: «Я подчинюсь этому указу лишь в том случае, если мне докажут Священным Писанием и законом любой страны, что клятвопреступление есть добродетель, а верность клятве есть тяжкий грех»196. Его прежний викарий, епископ Ювеналий, по приказу патриарха Алексия был назначен епископом Шанхайским. Владыка Виктор, вернее, представители советской власти стремились любыми средствами занять храмы Шанхая. Но просоветская ориентация архиепископа Виктора послужила причиной враждебного отношения к нему со стороны китайских властей, и его на несколько дней посадили в тюрьму. Архиепископ Иоанн сразу же вмешался и потребовал от Шанхайской мэрии освободить его, но в мэрии ему отказали. Владыка Иоанн писал в письме: «К сожалению, в деле архиепископа Виктора очень трудно было как-либо помочь... Высокопоставленное лицо, к которому я обратился по сему поводу, прямо сказало, что в дело вмешиваться не может»197. Некоторое время спустя владыка Виктор заболел, и его положили в больницу. Великодушие владыки Иоанна не знало границ – дважды он навещал того, кто запретил его в служении. Святитель Иоанн не держал никакой обиды на тех, кто участвовал в этой истории. Потом, когда одно из советских должностных лиц, ответственное за ситуацию в Шанхае, попытается эмигрировать в США и будет задержано американской иммиграционной службой, владыка Иоанн навестит и его198. В 1959 году, когда ему напишут, что епископ Ювеналий скончался, он ответит: «Молимся о упокоении Преосвященного Ювеналия»199.
Желая всеми средствами воспрепятствовать тому, чтобы церковное имущество попало в руки советской власти, уничтожавшей его, архиепископ Иоанн устроил так, что его епархия была признана Китайской Республикой, и даже принял китайское гражданство. Имущество церкви Святой Софии в Циндао было зарегистрировано вновь по китайскому законодательству, что в дальнейшем спасло его от уничтожения. Немалая часть имущества и архивов этого храма была перевезена эмигрантами в США и в Австралию. Большая же часть церковного имущества Шанхая была вывезена из Китая самим владыкой Иоанном. Среди прочего там было Евангелие XVII века, находящееся сейчас в Сан-Франциско. Просоветская газета «Новости дня» в своей статье от 25 августа 1949 года писала о том, что «раскольническая группировка эмигрантов, возглавляющаяся архиепископом Карловацкой ориентации, вывезла незаконно... (часть) церковного имущества, принадлежащего Пекинской миссии в Китае, а следовательно, советской церкви и советскому правительству»
