Владыка Иоанн с присущей ему мудростью разоблачал ложь, спасая от нее вверенное ему стадо и ведя его, подобно Моисею, к свободе во Христе. Напомним, что в 1927 году Московская Патриархия под давлением безбожной власти предписала клирикам, проживающим за границей, подписать декларацию о лояльном отношении к советскому режиму. Епископ Иоанн писал об этом: «Законно ли такое требование и выполнимо ли оно? Русские за рубежом России – не подданные советской власти. Оставаясь верными своему Отечеству, мы не признаем законным правительство, идущее против тысячелетнего мировоззрения нашего народа, и мы ушли за границу, чтобы ему не подчиняться... Требует ли архиепископ Константинополя, Вселенский Патриарх, от своей греческой и иных народностей паствы, находящейся в Америке и других частях света, лояльности турецкому правительству?.. Во время русско-японской войны просветитель Японии русский архиепископ Николай (ныне прославленный – Б.Л.), оставаясь в Японии, благословлял православных японских воинов, шедших на войну сражаться за свое отечество. Хотя сам он лично не совершал богослужений, так как не мог молиться о победе над родной ему Россией, но разрешил то делать подчиненному ему японскому духовенству. По окончании войны он за исполнение своего пастырского долга был награжден русским Святейшим Синодом и самим русским царем. Если так поступал благочестивый царь и Святейший Правительствующий Синод, то имеет ли кто-либо право и есть ли в том нравственная правда – от людей, борющихся с безбожной властью, через их духовных пастырей требовать покорности ей?»183. Как говорилось в сообщениях, распространявшихся советской властью, через двадцать лет выборы патриарха уже должны будут состояться по всем правилам; казалось, что общение с Патриархией не означало подчинения богоборческой власти, осуществлявшей гонения на Церковь. Под омофором Московской Патриархии оказались харбинские архиереи. К тому же от Зарубежного Синода не поступало никаких известий, поскольку вся связь была прервана. И тогда владыка Иоанн, посоветовавшись с клиром, тоже решил войти в общение с патриархом Алексием I. В письме от 31 июля 1945 года, адресованном правящему архиерею, архиепископу Виктору Пекинскому, он объясняет это так: «После решения Харбинской епархии и ввиду отсутствия сведений о Заграничном Синоде в течение ряда лет иное решение нашей епархии сделало бы ее совершенно независимой, автокефальной епархией. Канонических условий для такой независимости не имеется, так как сомнений в законности... признанного патриарха не имеется... Возношение имени Председателя Заграничного Синода пока должно быть сохранено, так как по правилу 14 Двукратного Поместного Собора нельзя самовольно прекращать поминовение своего митрополита. Возношение же имени патриарха... необходимо Вашим указом ввести безотлагательно во всей епархии»
