Семнадцатого декабря тысячи девятьсот восемьдесят второго года Щёлоков был освобождён с поста министра в связи с расследованием по поводу злоупотреблений, начатым Генеральной прокуратурой с участием сотрудников КГБ и МВД после убийства милиционерами московского метрополитена майора КГБ Афанасьева. Попытка Щёлокова и Чурбанова списать злоупотребления на вмешательство в деятельность ГУВД Москвы партийных и советских органов не удалась. Проведённая по указанию назначенного Андроповым нового министра внутренних дел СССР Федорчука комплексная проверка деятельности МВД СССР в период руководства Щёлокова выявила большое количество злоупотреблений, связанных с коррупцией в самом МВД и дорогостоящими коллекциями предметов искусства семьи Щелоковых. Девятнадцатого февраля тысяча девятьсот восемьдесят третьего года совершила самоубийство жена Щёлокова — Светлана Владимировна.
Пятнадцатого июня тысяча девятьсот восемьдесят третьего года Николая Щёлокова вывели из состава ЦК КПСС. При жизни Андропова он обещал заместителю Щелокова Чурбанову полную неприкосновенность, и это сдерживало и преследования самого Щелокова. Но после смерти Андропова Щелокова шестого ноября тысяча девятьсот восемьдесят четвертого года лишили звания генерала армии. Седьмого декабря тысяча девятьсот восемьдесят четвертого года Щёлоков был исключён из КПСС.
Указом Президиума Верховного Совета СССР Щёлоков лишён всех государственных наград, кроме боевых, и звания Героя Социалистического Труда. На следующий день Щёлоков на даче в Серебряном Бору застрелился из охотничьего ружья. За три дня до этого он написал Черненко письмо, в котором отмечал, что «не нарушал законности, не изменял линии партии, ничего у государства не брал» и просил лишь оградить его детей от неприятностей, ибо «они ни в чём не повинны». Думаю, что такой судьбы в будущем не захотят себе ни министр МВД, ни его заместитель. Следовательно и двигать мне надо для начала в областное управление МВД, размещавшееся в городе Саратов на улице Дзержинского. Начальником УВД области является генерал-майор милиции — Дегтярёв Демьян Гаврилович. Вот его и надо навестить.
Для начала я взял тетрадь в клеточку, которую начал заполнять, внося в нее все имеющиеся у меня сведения о преступлениях. Перечень особо опасных преступников-маньяков я вел в алфавитном порядке. Затем я дополнил записи подробностями убийства милиционерами московского метрополитена майора КГБ Афанасьева, закончив фразой — "Обстоятельства, выявленные в ходе расследования, привели к смещению в 1982 году с поста министра внутренних дел СССР Николая Щёлокова и началу его политической опалы, закончившейся самоубийством сначала его жены, а затем и бывшего министра. Расследование привело к существенной смене кадрового состава МВД, принятию существенных мер по устранению причин и условий совершения подобных преступлений."
