В тюрьме Агафия трудилась вместе со всеми, известно также, что матушка Алипия направляла из тюремного заключения письма-воззвания: призывала стоять за веру православную и любить Бога. Сколько лет она провела в заключении неизвестно. Мы имеем свидетельства потомков очевидцев, посещавших ее в тюрьме. В данное время они проживают в Австралии. Уже тогда, в столь раннем возрасте, матушка Алипия обладала даром прозорливости и действенной молитвы. Но для себя она ничего не просила.
И вот матушка Алипия оказалась в камере, откуда каждую ночь выводили на расстрелы. Как она рассказывала впоследствии, с ней в камере остался священник с сыном, который совершил по узникам панихиду. Но благодаря небесной помощи святого апостола Петра матушка Алипия неожиданно получила освобождение. Оказавшись на скалистом берегу, ей пришлось двенадцать дней переходить через горы, чтобы выбраться из скалистой местности к какому-нибудь селению. В память об этом сохранились многочисленные шрамы на ее теле.
Нелегкой была жизнь беглеца ни документов, ни средств к существованию, ни жилья, а о прописке не было и речи. Но Господь устраивал ее жизнь незаметной для преследователей. Освобождение она получила приблизительно в 1939 году.
Вскоре грянула Великая Отечественная война. Ссылаясь на рассказы Матушки, она провела некоторое время в концлагере, в котором не изменила свое душевное устроение, помогая страдающим, молясь о них. Благодаря прозорливости и дарам духовным, ей удавалось устраивать побег многим соузникам. Вскоре Господь устроил побег и ей. Пробираясь сквозь оккупированную территорию и линию фронта, она некоторое время жила в деревне Капитановка по Житомирской дороге недалеко от Киева. Там она остановилась в одной многодетной семье.
Также известен случай, когда матушка Алипия остановилась на ночлег в одном селении. Всю ночь подвижница даже не прилегла на постланную для нее постель, а простояла на коленях до утра в молитве, верная неизменному правилу никогда не спать ночью и не давать телу отдыха.
Рассказывала Матушка также о своем путешествии к мощам святителя Феодосия Черниговского, мощи которого были возвращены в Свято-Троицкий собор Чернигова во время войны. Шла Матушка пешком, не останавливаясь в селениях, а ночуя в лесах и полях. После поклонения мощам особо почитаемого ею святителя, Матушка попросилась на ночлег в дом церковного старосты. Он ответил отказом, но она, понуждаемая Духом Святым, пошла за ним, зная, что Господь послал ее в этот дом не случайно.
