Гус не только поверил доктринам Уиклифа, но и начал учить им с церковной кафедры и в университете. Разумеется, он не мог не привлечь внимания папы и его сторонников, против которых смело выступал.
Римский католический архиепископ Праги, увидев, что количество реформистов, как их теперь называли, с каждым днем увеличивается, издал указ, имевший целью предотвращение дальнейшего распространения трудов Уиклифа. Но это произвело обратный эффект, так как побудило сторонников Уиклифа и Гуса приложить максимум усилий, чтобы практически все в университете объединились в дальнейшем распространении учения.
По причине своего полного согласия с доктринами Уиклифа Гус воспротивился указу архиепископа, как в частном порядке, так и с кафедры. Тогда архиепископ получил официальный документ от папы, дающий ему право остановить любого, кто оглашал доктрины Уиклифа в его области. Получив папскую буллу, архиепископ тотчас же запретил труды Уиклифа и приказал всем, у кого они имелись, принести их лично ему. Когда четыре доктора богословия отказались подчиниться, он издал указ, согласно которому им было запрещено проповедовать в какой бы то ни было из общин. Гус и четыре члена университета опротестовали указ и осудили архиепископа.
Узнав об этом, папа уполномочил кардинала Колонна доставить Яна Гуса в Рим, чтобы предъявить ему обвинение в ереси. По просьбе Гуса король Винсеслав со своей женой, некоторые дворяне и руководители университета направили папе прошение, в котором просили его рассмотреть данный вопрос в отсутствие Гуса в Риме, а также не позволять никого из жителей в Богемии объявлять еретиком и дать возможность всем священникам Богемии свободно проповедовать Евангелие по всем церквам.
Трое представителей доктора Гуса явились к кардиналу Колонну, чтобы объяснить, почему Гус не может явиться сам, и заверили, что могут ответить на любые вопросы от его имени. Однако кардинал объявил, что Гус упорно отказывается подчиняться, и отлучением от церкви лишил его права быть ее членом. Тогда представители Гуса обратились к папе, который уполномочил четырех кардиналов пересмотреть вопрос. Кардиналы не только согласились с наказанием, вынесенным Гусу, но отлучили от церкви всех его друзей и последователей, включая его представителей.
Гус подал апелляцию, которая ничего не дала, а так как он не мог больше проповедовать в Вифлеемской церкви Праги, то возвратился в родной город Гусинец, где продолжал учить своим новым доктринам с кафедры и в своих письменных трудах. В это время Гус написал огромное количество писем и пространных рассуждений, в которых утверждал, что никто не имеет права запретить кому-либо читать книги таких реформаторов, как Уиклиф. Он также написал книги о развращенности и пороках римского папы, кардиналов и духовенства. Аргументы Гуса имели под собой библейскую основу и поэтому убедили многих в его правоте.
