В походы против альбигойцев папа Иннокентий III снарядил особо назначенных инквизиторов, таких, например, как монах Доминик, который во время похода в 1215 г. организовал орден Доминиканцев. В то время не было, однако, конкретного учреждения инквизиции. В 1231 г. папа Григорий IX официально учредил Папскую инквизицию Копируя эдикт, который Святой Римский император Фредерик II издал в отношении Ломбардии (Италия) в 1224 г. и применил ко всей своей империи в 1232 г, Григорий обязал приговаривать еретиков к казни через сожжение. Он также приказал разыскать всех еретиков и судить их церковным судом.
Папа Григорий IX доверил эту ужасную работу Доминиканскому и Францисканскому орденам монахов, дав им по сравнению с другими судами инквизиции исключи 1ельные права, а именно: неограниченное право судить и отлучать от церкви, пытать и казнить всех виновных в ереси или оппозиции папскому правлению. Позже он дал им право объявлять крестовые походы против тех, кто был признан еретиками, заключать соглашения с суверенными правителями и использовать для походов их военные силы. Этим монашеским орденам было позволено действовать независимо от любой поместной церкви, которая также могла быть подвержена суду инквизиции, если каким-либо образом оказывалась на их пути. Естественно, столь неограниченная власть инквизиции часто становилась причиной возникновения разногласий между местным духовенством и епископами.
Говорят, что усердие, с которым преследовали врагов Римской церкви, было спровоцировано распространившимися по всей Европе слухами, согласно которым Григорий якобы собирается отречься от христианства и стать мусульманином. Чтобы нейтрализовать эти слухи, Григорий начал жестокие крестовые походы против врагов Рима - протестантов, иудеев и мусульман.
Каждый суд инквизиции состоял приблизительно из 20 человек: главный инквизитор, трое ведущих инквизиторов или судей, ответственный за финансы, гражданский чиновник, служащий, принимающий деньги и ведущий кассу, служащий, ответственный за конфискованное имущество, несколько чиновников-экспертов, производящих оценку имущества, тюремщик, консультанты в области проведения допросов и предъявления обвинений, палачи для проведения пыток, удушения и сожжения живьем, врачи, наблюдающие за проведением пыток, хирурги, отвечающие за излечение людей после пыток, секретарь, записывающий весь процесс, духовник, проводящий исповедание на латыни, привратник, люди, вошедшие в доверие к подозреваемым в ереси, чтобы затем свидетельствовать против них. При проведении допроса присутствовали также свидетели или информаторы, подтверждавшие вину подозреваемых, и заинтересованные люди, которые клялись сохранить в тайне проведение любых допросов и пыток, очевидцами которых были.
