Фокс в течение долгого времени прятался от папской инквизиции. Так продолжалось во время правления короля Генриха VIII, в мирные дни короля Эдварда VI и до вступления на престол королевы Марии I, которая восстановила в Англии власть папы и все католические доктрины. Понимая, что жизнь на родине становится невозможной, Фокс и его семья оставляют Англию и переезжают вначале в Страсбург (Франция), затем во Франкфурт (Германия), после этого - в Базель (Швейцария). Там Фокс находит множество беженцев из Англии, оставивших страну, чтобы избежать жестокости гонителей, и там он начал работать над своей знаменитой книгой. Когда за границей стало известно об этом, многие, кто терпел гонения или же был свидетелем преследований в различных странах, включая Англию, начали присылать ему свои истории. Первое издание Фокс опубликовал на латыни в 1554 году.
Королева Елизавета I взошла на английский престол в 1558 г., а в 1559 г. Фокс и его семья оставили Базель и возвратились в Англию. Книга была дополнена событиями до смерти архиепископа Кранмера в 1556 г. и в 1563 г. вышла на английском языке. По причине резкой критики KHHI и из-за допущенных в ней многих неточностей, Фокс продолжал подбор материала в течение следующих семи лет, проверяя и исследуя мельчайшие детали преследований, о которых ему докладывали из Англии. В 1570 г. он опубликовал исправленное и усовершенствованное второе издание под названием "Церковная история, включающая события и памятники прошлого во время правления каждого короля". В том же году Совет Англиканской церкви постановил, чтобы это издание было в каждой коллегиальной церкви Англии.
В 1560 г. Фокс был рукоположен на англиканскою священника, но вскоре после возвращения из Швейцарии отказался от исполнения церковной службы по той причине, что стал убежденным пуританином, хотя и продолжал проповедовать и публиковать свои проповеди, которые помогали многим.
Несмотря на то, что последний сборник, посвященный преследованиям во время правления "Кровавой Марии", привнес больше горечи в его письменные труды, чем Фокс мог себе представить, он был самым мирным из людей; горячо выступая против Римской церкви, в лоне которой родился и вырос, он был одним из первых, кто пытался привнести гармонию в отношения протестантов в Англии. Он был истинным поборником терпимости и примирения.
Во время вспышки чумы в Англии в 1563 г., когда многие служители отказались от своих обязанностей и уехали в поисках безопасности, Фокс оставался на своем месте, помогая больным и одиноким, раздавая деньги, которые получал от богатых людей за оказываемую им помощь. Он был терпелив и великодушен и не мог отказать никому, кто просил помощи во имя Христа. Пока ему это удавалось, он пытался использовать свое влияние на королеву Елизавету, убеждая ее прекратить жестокую практику преследования тех, кто имеет противоположные ей религиозные взгляды. Королева высоко ценила его мнение и иногда называла "наш отец Фокс", но он так и не смог убедить ее прекратить гонения на пуритан, которые постоянно оказывали на нее давление, требуя реформ в Церкви Англии.
