Феодосий назначил собор в Ефесе в самый день Пятидесятницы 431 г. Это был Третий Вселенский Собор. В Ефес прибыли Кирилл с 40 египетскими епископами, Ювеналий Иерусалимский с палестинскими епископами, Фирм, еп. Кесарии Каппадокийской, Флавиан Фессалоникийский. Прибыл и Несторий с 10 епископами и два высших чиновника, друзья Нестория. Первый Кандидиан, как представитель императора, второй Ириней - просто как расположенный к Несторию. Не было только Иоанна Антиохийского и папских легатов. По прошествии 16 дней срока, назначенного императором для открытия собора, Кирилл решился открыть собор, не дожидаясь отсутствующих. Чиновник Кандидиан протестовал против этого и послал донос в Константинополь. Первое заседание было 22 июня в церкви Богородицы. Нестория приглашали на собор три раза. Но в первый раз он дал ответ неопределенный, второй раз отвечал, что придет, когда все епископы съедутся, а в третий - даже не выслушал приглашения. Тогда собор решил рассмотреть дело Нестория без него. Были прочитаны Символ Веры Никео-Цареградский, послания к Несторию, анафематизмы Кирилла и послания Нестория к Кириллу, его беседы и прочее.
Отцы нашли, что послания Кирилла заключают в себе православное учение и, напротив, послания и беседы Нестория - не православное. Потом отцы проверили, как Несторий учит в настоящее время, не отказался ли он уже от своих мыслей. По свидетельству епископов, беседовавших в Ефесе с Несторием, оказалось, что он придерживается прежних мыслей. Наконец, были прочитаны изречения отцов Церкви, писавших о Лице Господа Иисуса Христа. Здесь тоже Несторий противоречит им. Приняв все это во внимание, отцы Ефесского собора признали учение Нестория еретическим и определили лишить его сана и отлучить от церковного общения. Под приговором подписалось 200 епископов и первое заседание кончилось.
В тот же день собор в Ефесе объявил о низложении Нестория и послал уведомление об этом клиру в Константинополе. Кирилл еще от себя написал письма епископам и настоятелю константинопольского монастыря авве Далматик". Вскоре были отправлены и акты собора императору. Несторию был объявлен приговор на другой день после заседания. Он, конечно, его не принял и в донесении императору жаловался на неправильные, будто бы, действия собора, обвинял особенно Кирилла и Мемнона и просил императора или перевести собор в другое место, или дать ему возможность благополучно возвратиться в Константинополь, потому что, жаловался он со своими епископами, - его жизни угрожает опасность.
