В памяти центрального биокомпьютера наряду с нормально действующими программами находится большое количество искаженных программ, встроенные в структуры мозга, которые являются причиной болезненного состояния человека. Эти искаженные программы классифицируются разными научными системами по-разному.
Так. классический западноевропейский психоанализ, берущий начало от З. Фрейда и К. Юнга, разделяет их [16] на сексуальные, оральные, генитальные, жестокие, сознательные, бессознательные, агрессивные, репрессивные, замедляющие, резистивные, тактические, стратегические, успешные, безуспешные, пассивные, активные, женские, мужские, программы удовольствий, страданий, сублимирования, программы ЭГО, суперэго и др. Другое научное направление [16] делит программы на визуальные, акустические, проприоцептивные, то есть отвечающие за внутренние ощущения, сенсорные, эмоциональные, моторные, рефлексивные, инстинктивные и т. д. Эта система используется в нейрофизиологии и сравнительной физиологии. Еще одна классификация, используемая в гуманитарных науках, разделяет программы на животные, гуманистические, моральные, этические. финансовые, профессиональные, программы богатства, бедности и т.д.
Название программы может меняться в зависимости от цели и смысла, который вкладывается в программу. Более того, нейролингвистическое программирование (НЛП) убедительно доказало, что любое слово, произнесенное извне (или внушенное), может стать такой закладываемой программой, ведущей к болезненному состоянию человека. В настоящее время извлечение таких искаженных программ в трансперсональной психологии, когнитивной психологии, психиатрии и других смежных с ними областях осуществляется с применением сложных и опасных для психики испытуемого (вплоть до ее изменения) методов, использующих ЛСД терапию, голотропное дыхание, гипноз, ясновидение и др. При этом многие программы принципиально не могут быть извлечены [16], особенно если они тесно связаны с отрицательным воздействием некоторых людей, окружающих человека в повседневной жизни, которые являются постоянным источником наложения таких программ.
Помимо вышеуказанных недостатков, а именно необходимости и трудности изучения гигантского разнообразия различных программ с привлечением огромного числа узкоспециализированных научных дисциплин, сложных и опасных для психики пациента методов извлечения искаженных программ есть другие существенные недостатки в этой биокомпьютерной модели, которые отмечают ряд исследователей. Биокомпьютерное моделирование человеческого мозга с использованием сложных нежестоких моделей, по поведению которых исследователи пытаются узнать что-то новое, имеет свой предел. С помощью такого моделирования невозможно ответить на вопросы, традиционные для философии сознания. а именно [18]:
