Николай Федорович в Петербурге возглавил группу врачей-общественников, создавших организацию «Совещание ночлежных врачей», члены которой стали проводить санитарный надзор в ночлежных домах и вели там посильную борьбу с болезнями.
В борьбе за здоровье народа Н. Ф. Гамалея неустанно пропагандировал мысль о необходимости санитарного просвещения широких масс России. В 1910–1913 годах он почти оставил лаборатории для того, чтобы поднять роль так необходимой для оздоровления народа общественной гигиены и санитарии. В пору мрачной реакции он начал издавать и редактировать в Петербурге первый русский журнал «Гигиена и санитария» и сумел привлечь к участию в нем передовых русских врачей: 3. П. Соловьева, Н. И. Тезякова, Н. Н. Клодницкого, И. А. Деминского.
Журнал освещал печальное состояние народного здравия в стране и вел настойчивую пропаганду необходимости оздоровить условия жизни народа, особенно фабрично-заводских рабочих.
С горечью гражданина-патриота Гамалея говорил о беспомощности русских врачей перед лицом болезней народа и о «полной непригодности… бюрократического строя». Ученый настойчиво доказывал важность и острую необходимость ведения повседневной санитарной работы в городах и деревнях.
Но подлинная, действенная борьба за оздоровление родной страны началась после крушения капитализма, после победы Великого Октября.
То было тяжелое время. В стране, разоренной империалистической войной, не хватало врачей, медикаментов, вспыхивали эпидемии тифов, возникла еще одна угроза — эпидемия натуральной оспы. На долю шестидесятилетнего Гамалеи выпала почетная роль возглавить борьбу с инфекционными (заболеваниями. По его предложению в 1918 году в Петрограде и прилегающих губерниях было введено обязательное оспопрививание. В 1919 году Владимир Ильич Ленин подписал исторический декрет о введении обязательного оспопрививания во всей стране. Николай Федорович с удвоенной энергией изыскивал способ получить в достатке материал для прививок — оспенный детрит. И это ему удалось. Эпидемия оспы вскоре пошла на убыль… А уже в 1930 году Совет Народных Комиссаров СССР принял постановление о ликвидации оспы в СССР.,
Подлинного расцвета научная, организационная и педагогическая деятельность Н. Ф. Гамалеи достигла в годы социалистического строительства. Ученый-патриот радовался каждому успеху новой жизни. Страсть исследователя, борьба с трудностями и созидание во имя счастья народа закономерно привели его к мировоззрению Коммунистической партии, членом которой он стал на склоне лет.
