В православном Типиконе и Служебнике, алтарь часто называется святилищем. Это, как полагают, происходит оттого, что древние учители Церкви часто именовали алтарь ветхозаветным названием Святая Святых. Действительно, Святая Святых Моисеевой скинии и Соломонова храма, как хранившие в себе ковчег Завета и другие великие святыни, духовно прообразуют собою христианский алтарь, где происходит величайшее таинство Завета Нового — Евхаристия, хранятся в дарохранительнице Тело и Кровь Христовы. Трехчастное деление православного храма также соответствует делению скинии и храма Иерусалимского. Напоминание об этом содержится у апостола Павла в Послании к евреям (9,1-12). Но апостол Павел лишь в кратких словах говорит об устройстве скинии, замечая, что об этом не нужно теперь говорить подробно, и поясняет, что скиния есть образ настоящего времени, когда Христос, Первосвященник будущих благ, придя с большею и совершеннейшею скиниею, нерукотворенною, то есть не такового устроения, и не с кровью козлов и тельцов, но со своею Кровью, однажды вошел во святилище и приобрел вечное искупление". Таким образом, то, что в Святая Святых ветхозаветного храма, иудейский первосвященник входил только один раз в год, прообразовало собою единократность Искупительного Подвига Христа Спасителя. Апостол Павел подчеркивает, что новая скиния — Сам Господь Иисус Христос — не так устроена, как древняя.
Новый Завет, следовательно, не должен был повторять устройства ветхозаветной скинии. Поэтому в трехчастном делении православного храма и в названии алтаря Святая Святых не следует видеть простого подражания Моисеевой скинии и Соломонову храму.
И по своему внешнему устройству, и по богослужебному пользованию православный храм настолько глубоко отличается от них, что можно говорить лишь о том, что в христианстве использован только самый принцип деления храма на три части, что имеет свое основание в новозаветной православном догматике. Употребление учителями Церкви понятия "Святая Святых" в применении к православному алтарю сближает его с ветхозаветным святилищем не по подобию устройства, а имея в виду особую святость этого места.
Действительно, святость этого места настолько велика, что в древности вход в алтарь был строго запрещен кому-либо из мирян, как женщинам, так и мужчинам. Исключение делалось иногда только для диаконис, а впоследствии для инокинь в женских монастырях, где они могли входить в алтарь для уборки и возжигания светильников. Впоследствии с особого архиерейского или иерейского благословения в алтарь было дозволено входить иподиаконам, чтецам, а также алтарникам из благоговейных мужей или инокинь, в обязанности которых входит уборка алтаря, возжигание светильников, приготовления кадила и т.п. На Руси в древности в алтаре не принято было держать иконы с изображением каких-либо святых жен, кроме Богородицы, а также иконы, на которых имелись изображения людей, не причисленных к лику святых (например, воинов, стрегущих Христа или мучивших святых страдальцев за веру и т.п.).
