Многие авторы, изучавшие дело Скуполи, полагают, что осуждение его было плодом клеветы столь хитрой, что она ввела в заблуждение выносивших приговор осторожных и мудрых иноков. Предполагают, что преступление Скуполи касалось «целостности веры», иными словами его обвинили в ереси. На процессе Скуполи явил столь великое смирение и послушание, что, даже вопреки всем унижениям, стяжал славу человека высочайших добродетелей. На все обвинения он отвечал безмолвием. И хотя находились иноки, ходатайствующие за него, сам он не приложил каких-либо усилий для того, чтобы облегчить свою участь. По свидетельству братьев, живших в одном доме со Скуполи, он являл неизменную готовность исполнять любую самую простую и самую тяжелую работу по хозяйству, любил уединение и тишину, многие часы отводил молитве. Он назидал своих братьев собственным спокойствием и смирением.
В мае 1588 года Скуполи покинул Геную и направился в Венецию, в театинскую монашескую общину св. Николая Толентино. В следующем, 1589, году он опубликовал в Венеции первое издание «Брани духовной». Издание носило анонимный характер. Лишь позднее книга была опубликована под именем автора - Лоренцо Скуполи. В 1590 году святой Франциск Сальский получил от одного театинского монаха «Духовную брань». Святому было известно, что автор книги - «человек высокой святости» - театинский монах, из смирения скрывавший свое имя. Существуют веские основания предполагать, что святой Франциск Сальский был лично знаком с Лоренцо Скуполи.
Скуполи оставался в Венеции на протяжении десяти лет. В 1598 году, после 24-летнего отсутствия, он вернулся в Неаполь, где в сообществе со своим духовным наставником Андреем Авелино он провел последние годы своей жизни.
Незадолго до своей кончины, в 1610 году, Лоренцо Скуполи был полностью реабилитирован, восстановлен в священном сане и получил право совершать богослужения. Умер он в Неаполе 28 ноября 1610 года.
На протяжении последних четырех столетий «Брань духовная» входила в число духовных произведений, получивших наибольшее распространение в христианском мире. Наибольший успех книга получила в XVII и XVIII вв. Уже при жизни Скуполи книга выдержала более шестидесяти изданий. Ее начали переводить на иностранные языки: в 1590 вышел немецкий перевод, в 1591 - латинский, в 1595 - французский, в 1598 - английский. Среди прочих достойны упоминания вышедший в 1723 году армянский перевод, а в 1775 году - арабский. В настоящее время известно более 600 изданий «Брани духовной».
