К 1555г. положение Кальвина и реформаторов в Женеве существенно укрепилось. Магистрат согласился окончательно признать за консисторией право налагать отлучение. Чтобы лишить перринистов всякого влияния, власти стали массами принимать в гражданство французских эмигрантов. Так, однажды в один день в число женевских граждан было принято 300 человек, как говорится в протоколе, "для защиты правительства". Это вылилось в серию эксцессов, особенно известна ночная стычка 16 мая 1555г. Вскоре после этого события самые рьяные противники кальвинистов были казнены или бежали из города. С тех пор и до самой смерти Кальвин не имел сколько-нибудь серьезной оппозиции в Женеве.
Город становится одним из всеевропейских центров протестантизма и мощным культурным центром. Основывается множество типографий и книжных лавок, главной задачей которых является издание и распространение Библии, особенно в Швйецарии и Франции. В 1559г. по инициативе Ж. Кальвина женевский колледж был преобразован в академию, главной целью которой была подготовка образованного протестантского духовенства для романских земель. Во главе академии был поставлен Теодор Беза, друг и сподвижник Кальвина, продолжатель его дела и его первый биограф. Женева становится крупным центром миссионерского движения и даже приобретает репутацию "святого города", "евангелического Рима". Сам Ж. Кальвин в 1559г. принимает женевское гражданство, но основной сферой его деятельности остается миссионерство и разработка теоретических проблем. Он завязывает переписку с принцем Конде, адмиралом Колиньи во Франции, королем Наварры (отцом Генриха IV).
!560-1562гг. стали особенно напряженными для Кальвина. Противостояние католиков и протестантов во Франции приняло особенно острые формы. Кальвин выступил против насилия и призывал государство и его противников к диалогу, к борьбе на конституционной основе. Это вызвало определенные разногласия с рядом французских реформаторов. В своих толкованиях на 1-ю книгу пр. Самуила (1-я кн. Царств) и кн. пр. Даниила он ясно выражает свои республиканские симпатии и осуждает абсолютизм.
В это же время Кальвин пытается завязать активные отношения с Англией, Шотландией, Нидерландами, Германией и Польшей, пишет шведскому королю Густаву Вазе и датскому Христиану. Уже одно это свидетельствует, что кальвинизм постепенно начинает становиться международным фактором. Кальвин становится одним из крупнейших международных деятелей. В разное время с ним контактируют М. Лютер, Ф. Меланхтон, германский историк Готман, французский гуманист Ж. Боден, Социн, польский реформатор Ян Лаский, шотландский проповедник Джон Нокс и многие другие. Кальвин откликается на все крупные проблемы, возникавшие в связи с общеевропейской Реформацией. Так, он написал ряд полемических трактатов по поводу решений Тридентского собора и интерима Карла V.
