Широко хлынул поток религиозных эмигрантов из Италии, Англии, Нидерландов и особенно Франции. Французских эмигрантов оказалось настолько много, что через 15-20 лет они составили не менее половины населения Женевы. Этими пришельцами оказались недовольны особенно городские низы, увидевшие в них основную причину повышения цен и упадка ремесел. Их недовольство обрушилось прежде всего на пасторов и особенно Жана Кальвина. Недовольны многие горожане оказались и преследования за нарушение моральных запретов, которым подвергались все независимо от их должности и положения. В 1546г. за участие в танцах был осужден целый ряд высших должностных лиц города, в том числе генеральный капитан и первый синдик. Они выслушали суровое внушение и принесли публичное покаяние. В 1547г. образовалась сильная партия недовольных ("перринисты"), которые стремились ограничить влияние Кальвина и в большей степени подчинить консисторию и коллегию пасторов магистрату. Особым нападках с их стороны подвергалось церковное отлучение. В основе их деятельности лежали идеи У. Цвингли, поэтому значительная часть протестантов Швейцарии, особенно из Берна, оказалась на их стороне.
Выступили против кальвинистов и различные радикальные группировки, в частности анабаптисты и "либертины", с которыми Кальвину пришлось полемизировать в своей работе "Contre la secte furieuse des Libertins, nommes spirituels" ("Против неистовой секты либертинов, именуемых спиритуалами", 1545). По их учению, существует лишь единая Божественная субстанция, которая проявляется во всех творениях. Все, что создано, происходит от Бога и есть сам Бог. Бог есть все - и материя и дух. Следовательно, все божественно: нет ни ангелов, ни демонов, ни добра, ни зла, ни правды, ни лжи. Евангелие Божественно, но как и всякая друга книга. Все земные блага должны быть общей собственностью. Подобные идеи довольно широко были представлены в так называемой народной реформации.
Пользуясь попустительством магистрата, недовольная молодежь стала выступать против пасторов, задирать их на улице, демонстративно нарушать различные запреты, преследовать французов. Доклады и жалобы Кальвина, как правило, оставались без последствий. В 1549г. Кальвин и Генрих Буллингер заключили Цюрихское соглашение, по которому устанавливалось единство цвинглианской и кальвинистской церквей в некоторых спорных вопросах и закладывалась, таким образом, основа для их дальнейшего сближения. Но большинство цвинглианских проповедников все еще оставалась в оппозиции к Кальвину.
