Положение самого Кальвина в общине выросло необычайно. На протяжении 1540-1564гг. он фактически правил городом. Авторитет его был настолько высок, что враги даже прозвали его "женевским папой". Он помимо всего прочего занимается и дипломатической перепиской, редактированием политического, судебного, полицейского законодательства Женевы. Беспорядки предыдущей эпохи привели управление Женевы в большое расстройство, Кальвин пытается привести все в порядок. Уже в начале 1543г. комиссия под его руководством провела ряд мероприятий: были установлены определенные рамки для деятельности различных государственных органов, четко и ясно обозначены обязанности должностных лиц. До мельчайших подробностей было разработано судебное устройство. Кальвин пишет подробные инструкции для смотрителей за постройками, для пожарной команды, даже правила для ночных сторожей. Недаром Кальвин изучал в свое время право. Почти каждый день он появлялся перед городским советом со своими докладами, донесениями и извещениями. Но его личное влияние не могло обеспечить беспрепятственного проведения реформ. Чем больше проводилась реформа, тем сильнее становились оппозиционные настроения среди населения и в самом магистрате. В данном случае немалую роль играли сами мероприятия магистрата. Запрещались танцы, театральные представления, азартные игры. За произнесение кощунств и проклятий налагались строгие наказания. Как признавал один из почитателей Кальвина, законы его "были писаны кровью и огнем". "Проповедь Кальвина не упала на бесплодную почву. Вряд ли можно найти, даже в те времена, другое государство, где бы при таком небольшом населении и в такой промежуток времени совершено было так много казней: 58 смертных приговоров и 76 декретов об изгнании в такое сравнительно мирное время, каким был первый период его деятельности в Женеве (1542 - 1546гг.), лучше всего показывают, как охотно женевские власти пользовались своим правом. Но еще ужаснее была та жестокость, которой отличалось само судопроизводство. Пытка была необходимой принадлежностью всякого допроса - обвиняемого пытали до тех пор, пока он не признавал обвинения, подчас в мнимом преступлении. Детей заставляли свидетельствовать против родителей. Иногда простого подозрения достаточно было не только для ареста, но и для осуждения: в числе этих 76 человек, осужденных на изгнание, 27 были осуждены только по одному подозрению. Человеческая жизнь словно потеряла всякую цену в Женеве." (115,с.230) Кальвин протестовал против подобной жестокости. Магистрат же попытался даже закрыть трактиры и заменить их собраниями граждан (так называемые аббатства, по одному в каждом из 5 городских кварталов), под надзором властей, для религиозных бесед. Хозяин заведения был правительственным чиновником и следил, чтобы гости не садились за стол без предварительной молитвы, не божились, не вели себя неприлично, не вступали в бесполезные прения. Неутомимый в работе, Кальвин того же требовал и от других. Никто не имел права бездействовать. Исчезли из города нищие. Кальвин старался стимулировать экономическую жизнь Женевы, но, в то же время, был против излишнего обогащения. Один раз он даже сказал, что "народ надо держать в бедности, иначе он перестанет быть покорным" воле Божьей. Хотя Женева утратила в силу целого ряда причин свое прежнее экономическое значение, но зато, по выражению французского историка Мишле, сделалась "городом духа, основанным стоицизмом на скале предопределения".
