На выборах 1540г. в Женеве снова победили "новые горожане" ("рьяные"). По обвинению в государственной измене синдик Жан Филипп (он уступил часть женевских владений Берну) был казнен. Казнены были и 3 других синдика, содействовавшие изгнанию Кальвина. Победители сразу же обратились ко всем "гиллерменам" (от имени Фареля Guillaume) с призывом возвратиться в город. В сентябре 1541г. Кальвин с триумфом был встречен в Женеве. Его проект церковных ордонансов (ordonnances ecclesiastiques), однако, был принят магистратом лишь после долгих споров и с ограничениями. Этот проект представлял из себя следующее:
1)устанавливались четыре церковных чина:
пасторы (ministres, pasteurs),
доктора для преподавания в школе,
старейшины (anciens) для нравственного надзора за гражданами,
диаконы, для различных благотворительных дел.
Старейшины и диаконы избирались из числа светских лиц магистратом (старейшины - из правительственных органов). Церковные должности тоже замещались магистратом, по рекомендации пасторов и после экзамена.
Создавалась консистория из 12 старейшин и 8 пасторов, которая разбирала особо важные проступки против нравственности и отступления от истинной веры. В менее серьезных случаях пасторы и старейшины, постоянно совершавшие обходы по домам, ограничивались частным внушением.
Из церковного обихода устранялись украшения, символы, церемонии.
Отменялись последние праздники, оставленные Реформацией (Рождество, Обрезание, Благовещение, Вознесение) и оставлялось только Воскресение.
В 1543г. вышло третье издание "Наставления в христианской вере", где содержалась подробная программа церковного переустройства. По этой программе предусматривалось разделение светской и церковной сфер. Наблюдение за нравственностью входило в сферу церковных органов. Выборы в консисторию и в пасторы должны были быть демократическими. Кандидаты назначались пасторами, но избрание совершалось при общем собрании всех членов общины. Они подвергались суровому экзамену, во время которого выяснялись их правоверность, умение проповедовать, безупречность их поведения. Избранные должны были принести присягу в ревностном соблюдении своих духовных обязанностей и соблюдении гражданских законов, "насколько последние не будут противоречить его обязанностям перед Богом". Пасторы приравнивались к пророкам и апостолам : они должны были "возвещать слово Божье, учить, увещевать народ, раздавать причастие и вместе со старейшинами налагать церковные наказания". Снисходительность к грешнику не подобает пастору, ибо он не только провозвестник истины, но и ее защитник, "мститель" за обиды, нанесенные имени Божьему. Он должен подражать той "страстности, с которой Павел обрушивался на ложных пророков". О содержании пасторов должна заботиться община. Кальвин не требовал от них евангельской бедности и даже не запрещал им заботиться о приумножении своих богатств, если это не противоречит строгой нравственности. Он видел в материальной обеспеченности средство для большей независимости духовного сословия. В своих проповедях и на заседаниях совета часто настаивал на возвращении новому духовенству церковного имущества, отобранного у католиков.
