Смерть отца (1531) предоставила Жану полную свободу и он с жаром отдается своим увлечениям. Сначала он хотел составить себе имя ученого литератора в духе Эразма. В 1532г. он издает комментарий на трактат Сенеки "De Clementia" ("О кротости"). Это работа филологическая, но в ней уже виден интерес и к вопросам политическим. Переход Кальвина к протестантизму был результатом медленной и сложной рассудочной работы. Сам он о процессе своего перерождения говорит мало. В знаменитом предисловии комментария к Псалмам, рассказывая вкратце о своей жизни, он только упоминает, что Божественная истина, как молния, озарила его и он понял, "в какой бездне заблуждений, в какой глубокой тине погрязла до тех пор его душа. И тогда, о Боже, я сделал то, что было моим долгом, и со страхом и слезами, проклиная свою прежнюю жизнь, направился по Твоему пути" (115,с.180).
Сначала Кальвин придерживался умеренного направления, к которому принадлежали члены кружка Маргариты Наваррской, сестры Франциска I, и мечтал в духе Эразма о проповеди чистого Евангелия на почве существующих учреждений. Но вскоре гуманистические занятия заброшены окончательно и "гуманист становится теологом, Библия и отцы церкви навсегда вытесняют классиков" (115,с.180). Очень быстро он становится знаменит: "Все, что было предано чистому учению, собиралось вокруг меня, чтобы поучаться у меня, неопытного молодого человека" (115,с.181). Вскоре ему приходится спешно уезжать из Парижа. Как рассказывает в своей биографии Теодор Беза, это было связано с его участием в одной демонстрации в день Всех Святых в октябре 1533г. Во время обыска в его квартире ему удается бежать через окно. Переодевшись в крестьянское платье, он покидает Париж. Под именем д' Еспевилля отправляется в Южную Францию. Об этом периоде его жизни достаточной информации нет. Он много скитается по западной и южной Франции, даже по Италии, пытается проповедовать. Во время пребывания в Ангулеме у каноника Луи дю Тиллье он задумывает свой великий труд. Правительство не особенно рьяно разыскивает его, он смог даже съездить в свой родной Нуайон и отказаться от бенефиция. Эмиграция его из Франции поздней осенью 1534г. была, видимо, добровольной, но так или иначе она была связана с начавшимися в 1533г. религиозными преследованиями. Французский протестантизм принял радикальный характер к этому времени и потому желающих срочно покинуть страну оказалось немало. Кальвин отправляется сначала в Страсбург, а затем в Базель. Здесь проживал стареющий Эразм, который, впервые увидев будущего реформатора, сразу оценил его и заметил, что "в лице этого молодого человека против церкви готовится страшный бич". И именно здесь, в Базеле, в 1535г. появилось первое издание "Наставления в христианской вере". Оно состояло всего из 6 глав, шестое, прижизненное, издание 1559г. состояло уже из 4 книг, подразделявшихся на 80 глав. За каждым латинским изданием обычно следовал его французский перевод. Это сочинение сразу создало Кальвину славу одного из крупнейших богословов эпохи.
