Но с конца 15 - начала 16 вв. из-за Великих Географических открытий и начинавшейся Реформации женевские ярмарки стали приходить в упадок, короли-католики оборвали связи с протестантской Женевой. Экономическому упадку Женевы способствовало также усиление савойского герцогства, господствовавшего над итало-германским торговым путем благодаря обладанию обоими склонами альпийских перевалов. Тем не менее Женева оставалась важным торгово-промышленным центром, в частности одной из крупнейших европейских бирж, одним из основных банкиров Европы.
С конца 15в. Женева была очень слабо связана с другими швейцарскими городами и потеряла даже номинальную связь с Священной Римской империей. Верховная власть над Женевой была разделена между двумя лицами: женевским епископом и савойским герцогом. Епископ был одновременно духовным и светским владыкой. Он избирался соборным капитулом и давал присягу защищать все права и обычаи граждан. Имел право устанавливать подати, чеканить монету. При нем существовал совет из числа членов соборного капитула, имевший право суда в важнейших гражданских делах. В уголовных делах епископ имел только право помилования. Графу (с 1415г. - герцогу) Савойскому принадлежала только исполнительная власть, который передавал ее своему "вице-дому" (наместнику). Соперничество этих двух властей облегчало усиление третьей власти городского самоуправления. Оно осуществлялось тремя органами: общим собранием граждан (глав семейств), собиравшемся два раза в год для решения важнейших дел (союзы с другими кантонами, установление цен на вино и зерновой хлеб) и выбора 4 синдиков и казначея; Малым Советом, который ведал всей городской администрацией и состоял обычно из 20-25 человек во главе с 4 синдиками; Большим Советом, называвшимся "советом 50", "советом 60" и с 1527г. "советом 200". Действительное число последнего совета не всегда соответствовало этим цифрам и часто являлось всего лишь расширенным Малым советом, пополненным путем кооптации наиболее видными гражданами. По этой причине совет оказывался объектом борьбы между патрициатом и остальными горожанами. Эта внутренняя борьба различных городских группировок чрезвычайно обострилась в начале 16в. в результате слияния обеих внешних властей (местного епископа и савойского герцога) как бы в одну власть: женевские епископы стали назначаться папой из савойского дома. Городская община потеряла возможность лавировать между ними и начались притеснения женевцев, ущемление их прав. Савойская политика находила опору в женевском патрициате, составленном в основном из савойского дворянства, крупного чиновничества и части купечества. С 1519г. начинается ожесточенная открытая борьба женевцев с Савойей за независимость. Активно помогал Женеве соседний католический кантон Фрейбург. Активно действовала патриотическая организация "Дети Женевы". Одни из руководителей этой организации Бертелье был казнен, второй (швейцарский гуманист Франсуа Боннивар, 1493 - 1570) был заключен в Шильонский замок (он был прикован к столбу вместе с двумя своими братьями, его страдания послужили сюжетом для поэмы Д. Г. Байрона "Шильонский узник"), третий - Безансон Гюг - бежал в Берн и сумел договориться с бернцами о союзе против Савойи. Берн представлял крупную военную силу и имел веские основания вмешаться в эту борьбу: его владения, как и савойские, продвинулись к Леманскому озеру, к узлу торговых путей, и власть Савойи над Женевой могла нанести удар его торговым интересам. Соединенными силами Женевы, Фрейбурга и Берна была достигнута победа. Женева стала независимой республикой. Савойский герцог Карл III признал ее самостоятельность по договору 1530г.
