В послушании и молитвах прошли три года заточения Филарета Романова в Антониево-Сийской обители. В эти годы Филарет много читал, познавал истоки христианской веры. Он смирился с тем, что судьба уготовила ему сан священнослужителя. И потому хотел быть сведым во всём, что связано с православной, греческого закона церковью. В монастыре он нашёл много книг об этом. Находились и такие, которые были написаны во времена Киевской Руси или привезены в Киев из Византии, а теперь каким-то чудом оказавшиеся в северных краях России.
Чтобы прочитать книги греческого письма, Филарет постиг греческий язык. И был доволен тем, что узнавал историю православной христианской религии по первоисточникам. Он познал труды богослова, философа и историка, известного церковного сочинителя Михаила Пселла, жившего в одиннадцатом веке. Сочинения архиепископа Солунского Евстафия «Рассуждения о необходимости исправлений в монашестве» открыли ему глаза на многие стороны монастырского быта. За прошедшие годы заточение Филарета стало терпимым. Годуновы о нём, похоже, забыли, и никто не притеснял его монастырской свободы. Матвей получил обещанное вознаграждение. Привёз деньги келарь монастыря, который ходил в Москву с обозом мороженой рыбы. Катерина, которую келарь нашёл, передала ему не только деньги, но выполнила другую просьбу Филарета, взяла в услужение сына Матвея Антона и попросила Сильвестра учить его торговому делу. В Москве они в ту пору не задержались, снова уехали в Казань.
В начале второго голодного лета Матвей со стрельцами был отозван в Москву. И теперь за Филаретом по поручению игумена Арефа надзирали только монастырские служки. Он им не доставлял хлопот, потому как был самым послушным и исполнительным монахом и проявлял много рвения в служении Господу Богу.
Однако в Филарете подспудно ещё многое оставалось и от прежнего удалого князя Фёдора Романова. Переболев из-за отлучения от мирской среды, он сохранил жизнелюбие. А его человеколюбие проросло христианским милосердием. Он болел душой за каждого страждущего. Князь Фёдор был любознательным в постижении учёной премудрости, и Филарет не растратил сей дар, но умножил его.
Однажды Филарет задумал узнать, с чего начинался Антониево-Сийский монастырь. И дотошно исполнил своё желание. Он нашёл в монастыре старцев, которые хранили предание об основателе обители преподобном Антонии и в часы свободные от бдения и молитвы они рассказывали Филарету доподлинную жизнь подвижника. И Филарет возлюбил Антония, свершившего подвиг во имя веры.
