В эти первые дни и недели заточения Филарета произошли немалые перемены и в жизни Антониево-Сийской обители. Её ворота были закрыты для богомольцев. И у ворот теперь вместе с монастырскими привратниками несли караул московские стрельцы с огненной зброей в руках. Монастырь стал тюрьмой, и всем монахам и даже игумену Арефу не разрешали разговаривать с иноком Филаретом.
Всего этого Филарет не знал. Но позже, когда постепенно успокоился, смирился с обстоятельствами жизни, увидел, в каком состоянии неприязни приходили к нему иноки-старцы, он понял, в какое оскудение быта он вверг своим появлением монастырскую братию. Монахи порицали Филарета. И лишь однажды один из иноков-старцев, посещавших его келью, страдающий за Филарета, несущего тяжкий крест опалы, нарушил запрет молчания, принёс ему молитвослов и коротко сказал:
— Пробудись, брат мой, читай и моли Всевышнего о милосердии.
Потом Филарет скажет, что ежели бы не эти слова ободрения, изошёл бы он тоскою и наложил на себя руки, потому как побуждение к тому приходило не раз.
В тот день перед сном Филарет впервые встал на колени пред образом Михаила-архангела и сперва как-то робко, будто впервые, а потом всё усерднее стал молиться. И пробудилась память, он вспомнил каноны и молитвы, да больше те, с которыми в трудные минуты жизни обращался к Господу Богу. И первым каноном, коим откликнулась его душа на призыв инока-старца, был канон покаянный.
— О, горе мне грешному, — молился страстно Филарет — Паче всех человек окаянен есмь, покаяния несть во мне, даждь ми, Господи, слёзы, да плачусия дел моих горько...
И пролились слёзы облегчения, на душе стало светлеть, и, дабы сохранить проблески обновления, Филарет вознёс к небесным Святым Духам канон покаяния Ангелу Хранителю:
— Всё помышление моё и душу мою к Тебе возложи, хранителю мой. Ты от всякие мя напасти избави...
Наступила глубокая ночь, а Филарет всё молился, и память его очистилась от замутнения, все молитвы, кои он выучил в отрочестве, открывались ему, как на страницах книги. И очищалась душа его от всякой бесовской скверны, от жестоких и безрассудных побуждений, от злобы и жажды выместить ненависть на преследующих его. И уже под утро, встав с колен на одеревеневшие ноги, он тут же упал на скамью и, прошептав: «Господи, спаси и сохрани», — уснул в сей же миг, и так крепко, как никогда не спал последние месяцы жизни.
И было в том благостном сне Филарету явление многоликое. Да первым сошёл к нему архангел Михаил — хранитель и заступник. Поначалу Филарет засомневался: он ли? Но потом узнал его. Он увидел, что архангел препоясан и сабля на боку висела, потому как служил он у Всевышнего в архистратегах. И крылья виднелись у архангела за спиной. Всё, как и положено иметь Святому Духу. Он же сказал Филарету:
