Однако художественный напор не иссякал в Толстом, во второй половине восьмидесятых из-под его пера выходят такие замечательные вещи, как повести «Смерть Ивана Ильича» (1887—1889) и «Крейцерова соната» (1889—1890), пьеса «Власть тьмы» (1886), «Плоды просвещения» (1886—1889) и в начале девяностых годов рассказ «Хозяин и работник». В эти же годы все более грозно сгущались столкновения Толстого с цензурой, с официальной церковью. Повесть «Крейцерова соната» была цензурой запрещена и смогла быть напечатана только по личному распоряжению Александра III, с которым С. А. Толстая добилась свидания. Деятельность Толстого в связи с помощью голодающим, резкие протесты против преследования сектантов (духоборов и молокан), обличительные идеи в статьях и произведениях художественных были направлены против собственной дворянской среды, против государственных установлений, против фальшивой морали власть имущих — все вызывало растущее недовольство правящих кругов и церковников. В 1901 году синод отлучил Толстого от церкви. К этому времени Толстой завоевал громадную славу в стране и в мире, официальные преследования только увеличили его популярность. Ясная Поляна сделалась местом паломничества людей со всех концов России и из-за границы.
Последнее крупное сочинение Толстого, роман «Воскресение» (1889—1899) есть, по существу, изображение неисцелимой боли, какую испытывает совестливый человек — в первую очередь автор — в тисках бюрократического государства, в железном «порядке вещей». Выход, предлагаемый Толстым: новое постижение христианской морали. В последнее десятилетие созданы выдающиеся по художественному совершенству произведения: повести «Хаджи-Мурат» (1896—1904, опубл. в 1912), «Фальшивый купон» (1902—1904, опубл. в 1911), «Отец Сергий» (1880—1898, опубл. в 1912), пьеса «Живой труп» (1900, опубл. в 1911), рассказ «После бала» (1903, опубл. в 1911).
Еще в 1891 году Толстой публично отказался от авторской собственности на все свои сочинения, написанные после 1880 года. Этот поступок соответствовал идеям Толстого о собственности вообще, а также согласовался с теми мыслями об искусстве, которые, собранные вместе, явились большой статьей «Что такое искусство?» (1897—1898). В этой статье по поводу современного искусства и своего собственного Толстой пишет: «Искусство нашего круга стало блудницей… Настоящее произведение искусства может проявляться в душе художника только изредка, как плод предшествующей жизни, точно так же, как зачатие ребенка матерью». И в другом месте: «Как только искусство стало профессией, ослабилось его драгоценнейшее свойство — искренность». Нежелание делать из искусства профессию, получать от него материальные выгоды, нежелание жить в роскоши, обладать собственностью — эти идеи, не встречавшие поддержки у С. А. Толстой, стали причиной глубокой семейной драмы. Толстой много раз порывался уйти из дома. Он страдал от несоответствия того, что он проповедовал, с тем, как жил: то есть с образом жизни богатого русского помещика. 28 октября 1910 года Толстой тайно ушел из Ясной Поляны, намереваясь добраться до Крыма, но по дороге простудился и скончался от воспаления легких на железнодорожной станции Астапово.
