В 1898 году Ненашев в 36 лет оставляет судебную карьеру и избирается городским головой города Ейска. На тот момент, он был самым молодым в истории города его руководителем, едва миновав минимальный возраст, установленной для занятия такой должности законом.
Ненашев дольше всех руководителей в истории Ейска занимал свой пост. Он избирался городским головой 4 срока подряд (1898 -1915), оставив должность по состоянию здоровья в 1915 году и менее чем через полгода умер
от болезни сердца.
Под его руководством в городе открыто 10 начальных школ, построен больничный городок, кирпичная Старопокровская церковь, богадельня, Ксенинская женская гимназия (средняя школа № 2), мужская гимназия, казенное реальное училище, высшее начальное училище, ремесленное училище, а в 1900 учебные мастерские сельского хозяйства.
В Ейске начало издаваться пять газет. В 1910 году создается музей учебных наглядных пособий, строится Народный дом с театральным залом на 600 мест и библиотекой. Со временем создается 3 клуба: общественный, купеческий и клуб приказчиков.
Василию Васильевичу удается начать качественное благоустройство города: мощение улиц, электростанция, электрическое освещение, телефон, водопровод. Именно ему удается решить проблему грязи на дорогах, портовые сборы с приходящих в Ейский порт за пшеницей кораблей стали взимать гранитом. Это позволило с 1900 по 1910 год камнем вымостить практически все улицы современного исторического центра города.
Вслед за улучшением города,
Ненашев принимает усилия по созданию нового каботажного порта, на берегу Таганрогского залива, в 1902 году правительство разрешило заем в 900 тысяч рублей золотом под гарантию портовых сборов. Городу предоставили субсидию в размере 3 млн. рублей из госбюджета по программе строительства зерновых портов. К 1906 году, порт был построен полностью.
Еще одним проектом Василия Васильевича, стала Ейская железная дорога. Она должна была дать увеличение грузооборота порта. Для этого было создано акционерное общество, 9/10 акций которого, принадлежали Ейску и станичным обществам, через земли которых проходила бы эта дорога. В 1911 году дорога Ейск-Сосыка открыла движение. Кроме развития порта, Ненашеву удается и придать Ейску статус курортный город.
В 1910 году, при попытке найти питьевую воду, было произведено очередное бурение, начатое обсадными трубами диаметром 50см и доведенное до глубины 85 м. Была найдена серная вода, а далее пласты песчаников и глин. Пригодной питьевой воды найти так и не удалось. После этого работы были остановлены, а трубы подняты до горизонта серносоленой воды, которую использовали для устройства сернолечебницы.
