Филон разделял идеи греческих философов и предвосхитил многие доктрины, которые будут позже обсуждать отцы церкви. Еще до появления неоплатоников, он считал источником зла на земле материю, и говорил о том, что между Богом и людьми имеются посредники, роль которых исполняют ангелы или демоны.
Еще до возрождения интереса к трудам Аристотеля и естествознанию, которое произошло в эпоху Средневековья, он пытался примирить мозаичные представления о Творении с верой в существование Мировой души, а монотеизм — с астрологией. До появления христианского монашества он описал в своем трактате «О созерцательной жизни» сообщество аскетов на озере Меротис, которых называл «Терапевтами».
Вслед за Пифагором он рассуждал о мистическом значении чисел и обогатил это учение новыми идеями. Он создал концепцию идеального Божественного града (повторяя идеи Платона об идеальном государстве), которая столь сильно подействовала на воображение христиан. Вслед за стоиками он провозглашал идею природного закона, утверждая при этом, что институт человеческого рабства полностью ему противоречит.
Он написал «трактат, в котором доказывал, что всякий добродетельный человек свободен» и что для того, чтобы стать добродетельным, надо жить в согласии с природой. В другом трактате он доказывал, что «всякий порочный человек является рабом», и придерживался теории, с которой мы уже встречались, говоря о литературе, связанной с именем Еноха, и снова встретимся в творениях последующих авторов, что природа наказывает человека за его грехи, насылая на него наводнения или убивая ударом молнии.
Не он первым начал толковать Библию, но первый пример ее толкования, который дошел до наших дней, принадлежит именно ему. Он назвал Древо Жизни и историю о Змее, совратившем Еву, чисто символической, но эта мысль не нашла поддержки у христианских авторов. Филон Иудейский, используя аллегорический метод, пытался найти в тексте «Пятикнижия» все идеи и теории, которые он узнал от греков. Благодаря этому, защитники христианства стали позже заявлять, что Платон и Пифагор позаимствовали свои доктрины у Авраама и Моисея.
Идея Филона о Логосе оказала сильное влияние на создателей Нового Завета и теологию раннехристианской церкви. Тем не менее, Филон утверждал, что в человеческой жизни нет ничего более совершенного, чем философия, и по своему литературному стилю и эрудиции являлся эллином до мозга костей.
Тенденция ученых 19 века, особенно немецких, отрицать способность авторов Римской империи к оригинальному мышлению и стремление приписывать их идеи авторам, которых на самом деле не существовало, но которые, по их мнению, жили в гораздо боле продуктивную эпоху эллинизма, зашло, вероятно, слишком далеко.
