Ещё больше, чем суд, раздражал купцов Лицент — курфюршеское таможенное ведомство. Таможенные сборы составляли значительную часть государственных доходов. Курфюрст старался их увеличить и усовершенствовать методы взимания налогов. Так как он руководствовался исключительно казёнными соображениями, то жалобы купцов на убытки, причиняемые им таможней, были вполне обоснованными. Во главе этого важного учреждения стояли Альбрехт Хайдекампф и Фридрих Купнер. Оба были сыновьями камердинеров курфюрста. В качестве старшего таможенного директора, верховного военного комиссара и тайного советника палаты Купнер был самым влиятельным помощником курфюрста, особенно при организации независимой от сословий финансовой службы. Его дом с большим садом у пруда Шлосстайх, более похожий на дворец, в 1817 году приобрела ложа «Три короны».
Вначале пошлину взимали только в Пиллау. Позднее товары, транспортировавшиеся оттуда на лихтерах в Кёнигсберг, облагались пошлиной во вновь отстроенном в 1665 году пакгаузе у Голландского шлагбаума на Прегеле. Таможенные конторы у городских ворот, взимавшие пошлину с товаров, ввозимых в город на телегах и санях, были учреждены лишь в 1707 году. Со временем вокруг Кёнигсберга образовалась единая таможенная система, управляемая государственной Лицент-директорией. Акцизные налоги должны были, по мнению курфюрста, тоже перейти в его ведение, но он всё же оставил их в сфере гражданского самоуправления. По сравнению с методами, разработанными чиновниками курфюрста, городское управление являлось небрежным и беспорядочным. Поэтому не прекращались жалобы на злоупотребления и растраты.
Морская торговля всё ещё оставалась во власти голландцев. Известно то предпочтение курфюрста, которое он отдавал их образу жизни и организации экономики. Голландцы не только привозили в Кёнигсберг свои товары, но и оказывали влияние на культуру и нравы его жителей. Некоторые голландские семьи оседали после женитьбы в Кёнигсберге.
Кёнигсбергскому порту, называемому ещё «оком Бранденбурга», курфюрст оказывал всяческое покровительство. Он углубил фарватер в сторону Пиллау, заложил на Прегеле бурлацкий мол и намеревался с помощью голландца Вибранда фон Воркума вновь наладить строительство кораблей на одной из верфей в Континене, однако повсюду натыкался на сопротивление горожан, привилегии которых по этой причине нарушались. Сильнейшее препятствие любому прогрессу оказывал сильный цех владельцев лихтерных судов, обеспечивавших перевозку грузов между Пиллау и Кёнигсбергом. Курфюрст так и не смог сломить их сопротивление против улучшения транспортных условий. Это удалось лишь Фридриху Вильгельму Ⅰ, который в 1719 году ввёл судовой мореходный кодекс. Чуть большего успеха курфюрст достиг в борьбе с другими унаследованными приёмами торговли, превратившимися в злоупотребления: применение неправильных мер веса и длины, злоупотребления бракёрским клеймом. Переход экономики от цеховых форм средневековья к основным принципам абсолютизма длился долго и сопровождался всякого рода разногласиями.
