Для кёнигсбергских лютеран кальвинисты являлись более опасными противниками, чем католики. Переход курфюрста к кальвинистам вызвал бурю возмущения во всей Пруссии, в особенности, и это естественно, среди духовенства и в университете. Профессора и священники в своих полемических статьях и проповедях ожесточённо выступали против реформатской «чумы», хотя поначалу в Кёнигсберге кальвинистов было немного. В основном это были чиновники и придворные, а также голландцы и шотландцы. Они не имели собственной церкви. Молодой придворный священник-кальвинист Иоганн Кроциус в 1616 году провёл первую реформатскую службу в одном из маленьких помещений замка, а через полгода впервые совершил причастие по реформатскому ритуалу.
Неудачливый и отошедший от деятельной жизни, в августе 1618 года умер Альбрехт Фридрих. Уже через год Иоганн Сигизмунд передал правление своему сыну Георгу Вильгельму. Тому удалось после первых трудностей добиться признания сословий и наделения леном. Он был молод, но слаб здоровьем и слабоволен. Наследство, которое он принял, оказалось ему не по силам. Хотя он и подарил своим единоверцам-кальвинистам в 1629 году позади каретного двора участок под кладбище, однако из-за возмущения духовенства, которое не желало христианских похорон для «еретиков», и против воли сословий, которые по этому поводу даже пожаловались королю Польши, он не смог осуществить данный замысел. Только после его смерти и после того, как лютеранских пасторов заверили, что там не будут читаться проповеди и произноситься надгробные речи, они смирились с мыслью о таком кладбище.
Без участия Георга Вильгельма приняли городской устав, «Трансакцию 1620 года», которая целое столетие определяла внутреннюю жизнь Кёнигсберга. С её помощью после долгих споров и при посредничестве прусского придворного суда удалось сгладить противоречия между муниципалитетами и горожанами. Советники и судебные заседатели выбирались, как во времена Ордена. Новым стало лишь то, что городской секретарь — этот титул носил отныне городской писарь — приводил к присяге, а обербургграф её только утверждал. Однако, теперь обербугграф подносил советникам морселлы и рейнское вино, как это раньше делал комтур. Каждый новый гражданин давал присягу, касаясь поднятым пальцем шляпы бургомистра.
В «Трансакции» впервые стали различать «граждан в собственном понимании», как это позднее называлось в земельном праве, и «подзащитных родственников». Последние давали клятву подзащитных родственников и находились под покровительством полиции города, но не имели права вести собственное дело. К их числу относились подмастерья и ученики ремесленников, слуги и служанки, батраки и работники, уволенные солдаты и разный бедный люд. Кроме них имелись и пришлые: иногородние торговцы, коробейники, «подвальные» шотландцы и моряки, продававшие свои товары прямо на корабле или разнося их по улицам. Они имели право находиться в городе только в период навигации, длившейся с 1 мая до 1 ноября. В старые времена это относилось и к торговым представительствам, однако они уже давно имели в хозяйственной жизни города такое значение, что путём запретов их уже нельзя было вытеснить из городов. В своём большинстве это были голландцы и англичане. Многие из них уже давно жили в Кёнигсберге, тесно породнились с бюргерскими семьями и не воспринимались как чужие.
