16-ти лет Мальбранш поступил в College de la Marche. Здесь он изучал схоластическую философию, которая в ту пору доживала последние дни, и не нашел в ней, как он сам говорил, «ничего истинного, великого и даже христианского». Затем он слушал богословие в Сорбонне и потерпел вторично полное разочарование. Он предполагал, по словам его биографа, ученика и друга, отца Андре, в богословии встретить науку о божественных вещах, почерпаемую в Священном Писании и непреложных преданиях, но в то время богословие представляло собой собрание мнений отдельных лиц по поводу пустейших вопросов и бесплодных рассуждений для доказательства непостижимых учений, изложенных без всякой системы и последовательности, вдобавок варварским языком. Мальбранш был изумлен нелепостью схоластической методы, которая требовала от него в философии, всецело подлежащей разуму, слепого подчинения Аристотелю, а в богословии, опирающемся исключительно на божественный авторитет, предоставляла ему довольствоваться доводами и рассуждениями, нередко весьма мало рассудительными. Неудивительно, что, хотя Мальбранш и встретил в школьной науке вопросы, которые впоследствии так увлекали его, он не узнал своего призвания.
В 1660 году Мальбраншу было предложено место каноника в Notre-Dame, но он отказался. В это время умерла его мать, а через несколько недель Мальбраншу пришлось пережить новую тяжелую утрату — смерть отца, и, быть может, под влиянием этих горестных событий, он поступил в знаменитую Конгрегацию Ораториан, впрочем, он давно уже тяготел к уединенной созерцательной жизни. Здесь оставался он до конца дней своих, живя на весьма скромные личные средства. Мальбранш вообще отличался бескорыстием и равнодушием к благам мира. Так, впоследствии он без колебаний отказался от своей доли наследства в пользу брата.
Конгрегация состояла из священников и была основана с целью воспитания юношества. В противоположность иезуитскому ордену она не преследовала каких-либо политических целей. Члены Конгрегации пользовались сравнительно широкой для духовной общины свободой, сохраняя за собой право по желанию выйти из нее и не встречая препятствий в выборе занятий, здесь с успехом изучали математику, историю, философию и богословие. Опять-таки в противоположность иезуитам, придерживавшимся аристотельского направления, в Конгрегации господствовало идеалистическое платоновское в духе творений блаженного Августина. Этот величайший из отцов Церкви был для французских писателей XVI и XVII вв. излюбленным предметом изучения. Конгрегация же поставила одною из своих задач восстановление учения блаженного Августина. Ко времени поступления Мальбранша в общину туда успели проникнуть и идеи новой философии. Кардинал Берулль, основатель Конгрегации, был лично знаком с Декартом и покровительствовал картезианцам, при преемнике же его картезианская философия преподавалась в школах Ораторианцев. В деле слияния новоплатоновской доктрины с принципами и методою Декартовской философии Мальбранш имел предшественников, из которых самым талантливым был Андре Мартэн, более известный под псевдонимом Ambrosius Victor.
