Огромные размеры крепости и ее своеобразная архитектура дают властям возможность добиться цели, которую они тщетно пытались достигнуть в других тюрьмах, - полностью изолировать узников, исключить всякое общение между ними. В Доме предварительного заключения множество железных труб, проходящих по всему зданию, позволяет заключенным обмениваться вестями, даже находясь на значительном расстоянии друг от друга. А в каторжном централе камеры так малы и стены так тонки, что просто невозможно помешать узникам разговаривать при помощи постукивания, а когда они случайно встретятся, обменяться несколькими словами. В крепости положение совершенно другое. Стены казематов, построенных из бетона и камня, такой толщины, что стук сразу становится слышен, и поэтому такая связь почти невозможна. Чтобы совершенно ее устранить, одно время, это было в 1877-1878 годах, предлагалось обить стены войлоком и таким образом полностью заглушить всякий звук. Но в результате этой меры, не говоря уже о том, что она обошлась бы очень дорого, камеры стали бы суше и теплее, а потому удобнее для заключенных, поэтому от нее отказались в угоду другому плану, свободному от таких недостатков. Арестантов стали помещать в каждую вторую камеру, а смежные либо оставляли пустыми, либо сажали туда жандармов. Пришлось, правда, несколько ограничить число заключенных, но крепость достаточно велика, а зато камеры теперь были прочно изолированы. В отношении тех узников, которых хотели наглухо заточить в казематы, кроме того, принимались еще особые меры.
Некоторое представление о том, как непроницаемо замуровывают этих узников, как крепко царская тюрьма для государственных преступников хранит свои тайны, дает пример Нечаева, выданного Швейцарией русскому правительству. Его, как уголовного преступника, приговорили к двадцати годам каторги, но не отправили в Сибирь, а заточили в Петропавловскую крепость. Это было в 1872 году. И так наглухо он был заточен и строго охраняем, что целых шесть лет никто из его друзей не знал, что с ним стало, хотя, встревоженные его судьбой, они непрестанно наводили справки, и за это время сотни арестованных политических попадали в крепость и уходили из нее. Только в 1880 году через посредство Ширяева, помещенного в Алексеевский равелин, было раскрыто место заточения Нечаева. У Ширяева были тайные связи с волей, и Нечаеву, тоже замурованному в этом равелине, удалось послать ему весточку через расположенного к нему служителя.
