Первооткрыватели новых районов в Антарктическом секторе были номинированы МРХ СССР в 1990 на соискание государственной премии СССР. Советский Союз, как морская рыболовная держава, завоевала мировое лидерство.
К 1990 г. благодаря соответствующему научному обеспечению‚ в т. ч. многочисленным разработкам и рекомендациям “АзчерНИРО” и Управления “Югрыбпромразведки” рыбаки ВРПО Азчеррыба ежегодно добывали 700-800 тыс.т. рыбы и морепродуктов. Входили в строй транспортные суда для доставки рыбы в места потребления. С 1991 года нашими рыбаками велся промысел патагонского клыкача в водах островов Кергелен (Франция) и Южная Георгия (Англия). До настоящего времени актуальны результаты траловых работ института на шельфе Антарктиды, в ходе которых получены высокие уловы антарктического клыкача в море Космонавтов у земли Эндерби.
В 1990-е г.г., вследствие перехода рыбодобывающих предприятий Крыма и ЮгНИРО под юрисдикцию Украины и уменьшения финансирования рыбохозяйственной науки сократились все виды океанических исследований. Были также снижены объемы работ и прерваны экспедиционные исследования в Азово-Черноморском бассейне, стал сокращаться интеллектуальный потенциал института. Расформированы и переданы другим предприятиям экспериментальные базы ЮгНИРО “Аршинцевская коса” и “Сиваш”.
В новом государстве не оказалось возможности содержать крупный океанический отечественный рыболовный флот. Растащены в частные руки и проданы на металлолом или по цене металлолома современные поисковые и промысловые суда, как среднетоннажные, так и крупнотоннажные. В результате были выведены из эксплуатации практически все рыбопромысловые, поисковые, научно-исследовательские и приемно-транспортные суда, которые перешли в 1991 году под флаг Украины. Рыбопромышленные и поисковые организации “Керчьрыбпром” и “Югрыбпоиск” были расформированы.
Государственное финансирование ЮгНИРО сократилось более чем в два раза. Сотрудники ЮгНИРО вынуждены работать в качестве научных наблюдателей на зарубежных промысловых судах, главным образом - в Антарктике на промысле антарктического и патагонского клыкачей.
В столь сложное и тяжелое время, ЮгНИРО принимал и принимает активное участие в работе международных рыбохозяйственных организаций и комиссий, сотрудничая с ФАО, АНТКОМ, НАФО, НИАФК, ЕВРОФИШ, ИНФИШ, ТАСИС, ЮНЕП, БСЕП, РФАРЕ и другими.
Несмотря на вышеупомянутые проблемы, с целью разрешения вопросов повышения биологической и промысловой продуктивности прибрежных вод на экспериментальной базе “Заветное” (под Керчью), созданной еще в 1969 году, институт активно занимался созданием научных основ марикультуры. Ученые ЮгНИРО успешно разработали основы биотехнологии получения жизнестойкой молоди лобана и сингиля, а также акклиматизантов (дальневосточная кефаль пиленгас, стальноголовый лосось и полосатый окунь). Кроме рыб важнейшими объектами марикультуры были также двустворчатые моллюски и устрицы. На экспериментальной базе “Заветное” выполнялись и выполняются работы по пополнению запасов промысловых рыб Азово-Черноморского бассейна путем выпуска в водоем жизнестойкой молоди кефалей, пиленгаса и камбалы – калкан. Институт стал учебно-производственной базой для студентов КГМТУ и филиала КЭГИТУ (г. Керчь).
