В природе синантропные и другие формы мышей встречаются в самых разнообразных местообитаниях. Часто, выселившись из домов и сараев, эти грызуны остаются в огородах, дворах, зарослях бурьяна. Они заселяют поля различных зерновых и бахчевых культур, лесополосы, залежи, неудобья, парки и лесопарки. В пустынной зоне их можно найти по берегам водоемов, в зарослях тростника, камыша и рогоза.
Мыши живут в природе и постройках человека группами или поодиночке. В помещениях территория особи обычно невелика — всего несколько квадратных метров. Участки зверьков изолированы друг от друга или перекрываются. Структура поселения домовых мышей изучена слабо. Трудно наблюдать за зверьками, жизнь которых проходит в сложной обстановке — среди множества различных предметов, где так легко спрятаться, да еще активны они бывают в основном в сумерки и ночью.
Количество мышей, обитающих в различных постройках, зависит от обилия имеющегося там корма. Где его мало, например в учреждениях, численность зверьков на 100 кв. м пола составляет от 1 до 10. Мышиные семьи образуют обычно отдельные поселения в местах с наибольшим количеством пищи — на складах, в бытовках. На продовольственных объектах численность может быть иногда очень высокой — до 80 зверьков на 100 кв. м пола. В таких местах участки отдельных семей накладываются один на другой.
В природе участки обитания домовых мышей, как правило, больше, чем в постройках человека. Их размеры составляют от 100 до 1200 кв. м. Часть мышей оседло живет на этих участках, а мигранты переселяются в поисках удобных незанятых мест. За сутки зверьки могут переместиться на расстояние до 2,2 км. Структура поселений синантропных мышей весьма лабильна. В поселках Калмыкии в домах группировки мышей состоят из нескольких самок, самца-основателя и их потомства. На начальных этапах формирования таких группировок участки самок не перекрываются, а самец последовательно их посещает. Самцы-резиденты охраняют участки от вторжения соперников. Если выпустить в дом, где уже живут мыши, несколько взрослых самцов и самок, то хозяева изгоняют самцов из занятого ими строения, самки же остаются там жить. Новые самцы могут проникнуть и обосноваться в доме, лишь заняв вакантное место погибшего самца. Осенью зверьки, живущие поблизости от домов, начинают перебираться в дома, на зимние квартиры. В это время мыши хаотически перемещаются внутри строений, между отдельными зверьками постоянно происходят стычки. В конце концов грызуны распределяют между собой территорию, образуя небольшие по численности группы (самец и одна-две самки). Весной появившиеся за зиму молодые зверьки под напором взрослых особей выселяются в заросли, окружающие постройки. Здесь летом скапливается много зверьков. Из-за их высокой плотности участки самок начинают перекрываться, некоторые самки перестают размножаться.
