Странный след оставили ямабуси в истории японских боевых искусств. В сущности, мы не знаем, чем конкретно они занимались, умели ли в реальности владеть мечом, и, кажется, практически не знали кулачного искусства. Но, тем не менее, и история института самурайства и тайных кланов ниндзя связывают свою родословную именно с магами и воинами ямабуси. Тем самым и самураи и ниндзя (зачастую это были одни и те же люди) как бы принимали на себя ту магическую энергию, ту страшную потустороннюю силу, которая приписывалась ямабуси.
Эзотерический буддизм не долго царствовал в умах его последователей, уже в ХVI в. большинство буддийских школ невероятно политизируются, становятся четко очерченными социально-регулирующими институтами, в общем-то, далекими от мистической практики. Немалую роль в буддизме стали занимать не только политические, но и военные проблемы. Это дало неожиданный эффект — монахи, то были по своей сути далеки от официоза, стали резко сближаться с мистиками, усиливать эзотерический характер своей практики, а многие из них пополняли ряд ямабуси.
Эзотерический характер сохраняют в основном лишь две школы — Тэндай и Сингон. Механизм культурного самосохранения привел к тому, что эти школы стали по разному «пользовать» обычных прихожан и адептов высшего уровня. Передача «истинного учения», то есть самой сути буддизма, давалась только узкому кругу посвященных в ходе специальных тайных ритуалов. А вот для рядовых прихожан открывались лишь формы обычных ритуальных служений и простейшие теоретические догматы. Таким образом, сама духовная истина, стоящая вне словесных догматов, замыкалась лишь в крайне небольшой школе «носителей истины».
Число странствующих монахов, исповедовавших эзотерический буддизм, отнюдь не ограничивалось ямабуси. Например, в ХVI в. существовало некое воинское монашеское братство Коя-хидзири — «отшельники с горы Коя». Эти люди считались не только отменными бойцами, хранившими традиции древних ямабуси, но и прекрасными врачевателями, бродившими по Японии и лечившими при помощи трав, заклинаний и различных способов массажа. Но вскоре Коя-хидзири косвенно оказались замешаны в междоусобную войну, и их общины были разгромлены.
Общая канва тех событий такова. Крупнейшим центром буддийской секты Сингон считался монастырь Коясан, представлявший по сути мощную крепость. В нем шло активное обучение буддийской премудрости, воспитывались проповедники, переписывались философские труды, работали учебные заведения, что делало Коясан к тому же и крупным культурным центром. Но самого главное заключалось в том, что при монастыре состояла огромная армия монахов-воинов, которые надежно защищали монастырь от нападок тогдашнего военного правителя Японии Оды Нобунаги, поведшего решительную борьбу с рядом буддийских общин. Но однажды в 1574 г. в монастыре Коясан укрылись несколько сторонников князя Араки Мурсигэ, войска которого недавно разгромил Ода Нобунага. Это переполнило чащу терпения последнего и он отдал жесткий приказ не только разгромить монашескую армию Коясан, но к тому же начать преследование странствующих монахов-воинов, в результате чего погибло едва ли не несколько тысяч монахов. Так был разрушен один из крупнейших центров монахов-воинов Японии.
